Quando Alessandro aveva tredici anni, Filippo, fino a quel momento poco coinvolto nell’educazione del figlio, decise di scegliere un tutore per lui. Il risultato sarebbe diventato uno dei più famosi rapporti mentore-allievo della storia. Le ragioni di Filippo per scegliere Aristotele non erano puramente accademiche. In primo luogo, c’era il legame familiare di Aristotele: suo padre era stato medico di corte di un precedente re macedone. Inoltre, Aristotele aveva precedentemente servito alla corte di Emezia ad Atarneus, e un’alleanza lì sarebbe stata utile per i piani di Filippo di invadere la Persia.
La posizione si adattava anche ad Aristotele. Non solo offriva un alto onore e la possibilità di continuare le sue ricerche sotto il più potente degli stati greci, ma gli dava anche l’opportunità di influenzare lo sviluppo del futuro leader di quello stato. Come pagamento finale, Filippo restaurò anche la città natale di Aristotele, Stagira, che egli stesso aveva conquistato anni prima.
L’educazione di Alessandro si svolse in un ambiente lontano dalla capitale Pella, nel villaggio più isolato di Mieza, all’interno del cosiddetto “recinto delle Ninfe”. In questo isolamento rurale, Alessandro fu raggiunto da molti dei suoi più notevoli compagni, alcuni dei quali furono essi stessi futuri re. Alla partenza di Alessandro, Filippo esortò il figlio a lavorare sodo e a imparare a non ripetere gli errori del padre. In risposta, Alessandro rimproverò il padre per aver avuto figli da altre donne. A questo proposito, Alessandro sembra essere stato turbato non tanto da qualche compunzione morale, ma piuttosto preoccupato per i futuri conflitti sulla successione al trono di suo padre. L’ambizione di Alessandro era quindi evidente anche in questa fase, se non prima.
L’educazione di Alessandro era per la maggior parte formale, non il tipo di formazione di vita che potremmo immaginare in un rapporto di mentore. Piuttosto, il curriculum consisteva principalmente in materie standard come la poesia, la retorica, la geometria, l’astronomia e l’eristica, la pratica di argomentare un punto da entrambe le parti. Alessandro sviluppò un particolare interesse per la medicina – e non solo un interesse teorico, perché effettivamente prescrisse trattamenti per amici malati durante la sua vita. Quando Alessandro partì per la sua invasione asiatica, portò con sé un grande gruppo di zoologi e botanici, che tornarono con materiali raccolti e informazioni che avrebbero costituito la base di molte opere scientifiche rivoluzionarie. Un altro dei soggetti preferiti di Alessandro era la poesia greca. Aveva una particolare predilezione per Omero, e vedeva persino il mitico Achille come un modello da seguire nella sua vita.
Anche se forse è più conosciuto per i suoi trattati scientifici, Aristotele pubblicò anche la sua Etica e la Politica, e la sua influenza in questi campi raggiunse anche Alessandro. Aristotele esercitò questa influenza soprattutto nei confronti dei cosiddetti barbari, un termine che veniva usato per caratterizzare essenzialmente tutti i non greci. Alessandro stesso era già appassionatamente anti-persiano; e Aristotele gli fornì le giustificazioni intellettuali per la sua missione ereditata e destinata. Aristotele credeva che la schiavitù fosse un’istituzione naturale, e che i barbari fossero per natura destinati ad essere schiavi. Perciò incoraggiava Alessandro a essere un capo per i greci e un despota per i barbari, trattando i primi come amici e i secondi come bestie.
Aristotele vedeva i barbari come persone che vivevano solo attraverso e per i loro sensi, incapaci di elevarsi al di sopra dell’edonismo. Alessandro, nel suo desiderio di seguire un paradigma eroico, dava naturalmente grande valore all’onore, e con esso alle virtù dell’autocontrollo e dell’abnegazione; perciò nella sua vita mangiava con parsimonia, donava generosamente pur tenendo poco per sé, e aveva un atteggiamento prudente verso il sesso.Sotto questi aspetti, l’influenza di Aristotele fu probabilmente essenziale, poiché egli spinse Alessandro lungo un percorso che si discostava notevolmente dal modello più precario stabilito da suo padre.
Alessandro trascorse tre anni a studiare con il grande filosofo. Nel frattempo, suo padre stava mobilitando le truppe per fare visita ai ribelli di Perinto e Bisanzio. Nel 340 a.C., Filippo convocò il sedicenne Alessandro per tornare e servire come reggente della Macedonia e maestro del sigillo reale in assenza di Filippo. Così Alessandro si sarebbe ritirato dall’Accademia e avrebbe iniziato le lezioni di responsabilità della vita reale.