Organizovaný ozbrojený odpor byl nejsilnější formou židovského odporu proti nacistické politice v Němci okupované Evropě. Židovští civilisté kladli ozbrojený odpor ve více než 100 ghettech v okupovaném Polsku a Sovětském svazu.
V dubnu až květnu 1943 se Židé ve varšavském ghettu vzbouřili po zvěstech, že Němci budou deportovat zbývající obyvatele ghetta do vražedného centra Treblinka. Když německé jednotky SS a policie vstoupily do ghetta, členové Židovské bojové organizace (Zydowska Organizacja Bojowa; ZOB) a dalších židovských skupin zaútočili na německé tanky zápalnými lahvemi, ručními granáty a hrstkou ručních zbraní. Přestože Němci, šokovaní zuřivostí odporu, byli schopni ukončit hlavní boje během několika dní, trvalo značně přesile německých sil téměř měsíc, než se jim podařilo ghetto zcela zpacifikovat a deportovat prakticky všechny zbývající obyvatele. Ještě několik měsíců po skončení povstání ve varšavském ghettu se jednotliví židovští odbojáři skrývali v ruinách ghetta, které hlídaly jednotky SS a policie, aby zabránily útokům na německý personál.
V průběhu téhož roku povstali proti Němcům obyvatelé ghett ve Vilně (Vilnius), Bialystoku a v řadě dalších ghett. Mnozí bojovníci z ghett se chopili zbraní s vědomím, že většina obyvatel ghett již byla deportována do vražedných center; a také s vědomím, že jejich odpor ani nyní nemůže zachránit před zničením zbývající Židy, kteří nemohou bojovat. Bojovali však v zájmu židovské cti a pomsty za vyvraždění tolika Židů.
Tisíce mladých Židů kladly odpor útěkem z ghett do lesů. Tam se přidávali k sovětským partyzánským jednotkám nebo vytvářeli samostatné partyzánské oddíly, aby obtěžovali německé okupanty.
Ačkoli mnoho členů židovské rady (Judenrat) spolupracovalo z donucení s Němci, dokud nebyli sami deportováni, někteří, jako například předseda židovské rady Moše Jaffe v Minsku, se vzepřeli tím, že se odmítli podřídit, když mu Němci v červenci 1942 nařídili předat Židy k deportaci.
Židovští vězni povstali proti svým dozorcům ve třech vražedných centrech. V Treblince v srpnu 1943 a v Sobiboru v říjnu 1943 vězni ozbrojení ukradenými zbraněmi napadli personál SS a pomocné stráže vycvičené v Trawnikách. Němci a jejich pomocné stráže většinu vzbouřenců zabili, ať už během povstání, nebo později, poté co pronásledovali ty, kteří uprchli. Několik desítek vězňů však svým pronásledovatelům uniklo a válku přežilo. V říjnu 1944 se v Osvětimi-Březince vzbouřili členové zvláštního židovského oddílu (Sonderkommando) proti dozorcům SS. Během bojů jich zemřelo téměř 250; po potlačení vzpoury dozorci SS dalších 200 zastřelili. O několik dní později esesáci identifikovali pět žen, z toho čtyři Židovky, které se podílely na zásobování členů Sonderkommanda výbušninami k odpálení krematoria. Všech pět žen bylo zabito.
V mnoha zemích okupovaných Němci nebo s nimi spřátelených měl židovský odpor často podobu pomoci a záchrany. Židovské úřady v Palestině vyslaly v roce 1944 do Maďarska a na Slovensko tajné parašutisty, jako byla Hannah Szenesová, aby poskytli ukrývajícím se Židům jakoukoli pomoc. Ve Francii se různé složky židovského podzemí sdružovaly do různých odbojových skupin, včetně Armée Juive (Židovské armády), která působila na jihu Francie. Mnoho Židů bojovalo jako členové národních hnutí odporu v Belgii, Francii, Itálii, Polsku, Jugoslávii, Řecku a na Slovensku.
Židé v ghettech a táborech také reagovali na nacistický útlak různými formami duchovního odporu. Vědomě se snažili zachovat historii a komunitní život židovského národa navzdory nacistickým snahám o vymazání Židů z lidské paměti. K těmto snahám patřilo: vytváření židovských kulturních institucí, pokračování v dodržování náboženských svátků a rituálů, poskytování tajného vzdělání, vydávání podzemních novin a shromažďování a ukrývání dokumentace, jako v případě archivu Oneg šabat ve Varšavě, který měl vyprávět příběh Židů ve varšavském ghettu, přestože byl v roce 1943 zničen.