Proces přidělování kódů HS je znám jako „Klasifikace HS“. Všechny výrobky lze zařadit do HS pomocí Všeobecných pravidel pro výklad harmonizovaného systému (dále jen „VPP“). Kódy HS lze určit na základě různých faktorů, včetně složení výrobku, jeho formy a funkce. Příkladem výrobku klasifikovaného podle jeho formy jsou celé brambory. Zařazení se také mění v závislosti na tom, zda jsou brambory čerstvé nebo zmrazené. Čerstvé brambory se zařazují do položky 0701.90 pod záhlaví Brambory, čerstvé nebo chlazené, podpoložka Ostatní, zatímco zmrazené brambory se zařazují do položky 0710.10 pod záhlaví Zelenina (nevařená nebo vařená v páře nebo ve vodě), zmrazená, podpoložka Brambory. Harmonizovaný systém má šest obecných výkladových pravidel, která musí být analyzována v přísném pořadí.
Příkladem výrobku zařazeného podle materiálového složení je rám obrazu. Rámy na obrazy vyrobené ze dřeva se zařazují do podpoložky 4414.00, která stanoví Dřevěné rámy na obrazy, fotografie, zrcadla nebo podobné předměty. Rámy na obrazy vyrobené z plastu se zařazují do podpoložky 3924.90, která obsahuje stolní a kuchyňské nádobí, ostatní výrobky pro domácnost a hygienické nebo toaletní výrobky z plastů. Ostatní. Rámy na obrazy ze skla se zařazují do podpoložky 7020.00, která obsahuje ostatní výrobky ze skla. A tak dále.
Příkladem výrobku zařazovaného podle jeho formy je mýdlo pro osobní hygienu. Pokud je takové mýdlo ve formě tyčinky, koláče nebo tvarované formy, zařazuje se do podpoložky 3401.11, která obsahuje Mýdlo a organické povrchově aktivní výrobky a přípravky ve formě tyčinek, koláčů, tvarovaných kusů nebo forem a papír, vata, plsť a netkané textilie, impregnované, potažené nebo pokryté mýdlem nebo detergentem: Pro toaletní účely (včetně léčivých přípravků). Naopak tekuté mýdlo pro osobní hygienu se zatřiďuje buď do položky 3401.20, která obsahuje položku Mýdlo v ostatních formách, nebo do položky 3401.30, která obsahuje položku Organické povrchově aktivní výrobky a přípravky k mytí pokožky, ve formě kapaliny nebo krému, v balení pro drobný prodej, též obsahující mýdlo.
Příkladem výrobku zatříděného podle jeho funkce je detektor oxidu uhelnatého (CO). Pokud detektor CO zachycuje a zobrazuje naměřené hodnoty plynu, pak je správně zařazen do podpoložky 9027.10, která obsahuje Přístroje a zařízení pro fyzikální nebo chemickou analýzu (například polarimetry, refraktometry, spektrometry, přístroje pro analýzu plynů nebo kouře; přístroje a zařízení pro měření nebo kontrolu viskozity, pórovitosti, roztažnosti, povrchového napětí nebo podobné; přístroje a zařízení pro měření nebo kontrolu množství tepla, zvuku nebo světla (včetně expozimetrů); mikrotomy. Přístroje pro analýzu plynů nebo kouře. Pokud detektor CO nezachycuje a nezobrazuje měření plynu, pak se správně zařazuje do podpoložky 8531.10, která obsahuje Elektrické zvukové nebo vizuální signalizační přístroje (například zvonky, sirény, signalizační panely, poplašné zařízení proti vloupání nebo požáru), jiné než přístroje čísla 85.12 nebo 85.30. Poplašná zařízení proti vloupání nebo požáru a podobné přístroje.
Ačkoli každý výrobek a každá část každého výrobku lze zařadit do HS, jen velmi málo z nich je výslovně popsáno v nomenklatuře HS. Každý výrobek, pro který neexistuje výslovný popis, lze zařadit do „zbytkového“ nebo „košového“ čísla nebo podpoložky, které stanoví Ostatní zboží. Zbytkové kódy se obvykle vyskytují jako poslední v číselném pořadí pod souvisejícími položkami a podpoložkami.
Příkladem výrobku zařazeného do zbytkové položky je živý pes, který musí být zařazen do položky 01.06, která stanoví Ostatní živá zvířata, protože psi nespadají pod položky 01.01 až 01.05, které výslovně stanoví živé koňovité, živý hovězí, živé vepřové, živé ovce a kozy, resp. živou drůbež.