V 16. století nechal hrabě Muzio Tuttavilla provést meliorační práce v údolí řeky Sarno s cílem vyhloubit kanál. Během vykopávek objevil architekt Fontana v oblasti zvané „Collina della Civita“ několik budov se zdobenými zdmi. Tento nález byl zdokumentován a ponechán na místě a práce na kanálu pokračovaly. Vykopávky v Pompejích začaly znovu v roce 1748 za vlády Karla Bourbonského, zatímco již probíhající vykopávky v Herkulaneu hlásily senzační objevy. Vykopávky v Pompejích představovaly monumentální úsilí a prostředky byly vynaloženy na největší vykopávky, jaké kdy byly provedeny. S několika krátkými přestávkami pokračují až do současnosti. Vzhledem k tomu, že Herkulaneum bylo pokryto sesuvem bahna, vykopávky v Pompejích pokročily lépe, protože bylo mnohem těžší odstranit ztvrdlou pokrývku ztuhlého bahna než vyhrabat Pompeje z vrstev popela a lapiliových kamenů.
Zájem o výzkum v Pompejích dostal nový náboj, když bylo v letech 1806-1832 nalezeno mnoho budov v okolí Fóra a některé prestižní domy.
V roce 1860 byl Giuseppe Fiorelli jmenován ředitelem archeologického pracoviště v Pompejích a poprvé zavedl metodiku, která spojovala objevování s koncepcí konzervace. Tato technika byla aplikována na všechny probíhající vykopávky, které od té doby již nebyly jednostranně inspirovány pouze touhou najít vzácné předměty a významné stavby.
Poprvé vedla touha oživit jedno z největších měst historie k racionálním a dobře naplánovaným vykopávkám dům od domu. Byla zavedena kopací technika, při níž výkopy začínaly na úrovni střechy a postupovaly k podlaze vrstvu po vrstvě, aby se zabránilo zřícení budov směrem ven na dříve vyhloubené cesty.
Důležitá fáze výzkumu následovala v letech 1875-1893 pod vedením architekta Michele Ruggiera. Bylo odkryto mnoho insulae i četné domy v oblastech známých jako „REGIO V“, „REGIO VIII“ a „REGIO IX“, ale především byly zahájeny restaurátorské práce na více než pěti stech freskových malbách nalezených na stěnách domů.
Práce prošly delikátní fází pod vedením Vittoria Spinazzoly a vykopávky prováděné v letech 1910-1924 se zaměřily na jižní oblasti města. Jejich cílem bylo odkrýt celý úsek hlavní silnice Via dell’Abbondanza a vynést na světlo fasády budov podél silnice spojující Amfiteátr s Fórem. To způsobilo problémy s udržením fasád budov, protože ty byly nyní pod tlakem velkého množství popela uvnitř nich.
Navíc skutečnost, že badatelé neustále nacházeli zajímavé předměty, znamenala, že občas začali kopat do insulací z pouhé zvědavosti a pak je opustili. Tak dnes nacházíme několik domů, které byly vyhloubeny jen částečně. Pak přišel archeolog Amedeo Maiuri, který se v letech 1924-1961 zasloužil o objev mnoha předmětů a především byl autorem mnoha studií a zásadních interpretací. Právě díky němu vzniklo mnoho důležitých kapitol ve velké knize archeologie, kterou nazýváme Pompeje.
Giuseppe Spano, osobnost z akademického prostředí, který za Maiuriho dohledu pracoval jako vedoucí archeologických vykopávek, byl autorem mnoha prací, které pomohly pochopit historii osídlení v okolí Vesuvu.
Současné období se vyznačuje nejen novými objevy, ale také vážnými problémy, pokud jde o zachování toho, co bylo nalezeno v minulosti (bez ohledu na stav národního hospodářství projevuje italský stát velkou neochotu vynakládat veřejné prostředky v tomto odvětví ), a potřebou otevřít nové kapitoly v dějinách Pompejí v rámci interdisciplinárního přístupu.
.