Ve standardní instalaci systému Windows bude adresář ‚Program Files‘ na adrese %SystemDrive%\Program Files (nebo jeho lokalizovaný ekvivalent) a ‚Common Program Files‘ (nebo jeho lokalizovaný ekvivalent) bude podadresářem pod adresářem ‚Program Files‘. V systému Windows Vista a novějších verzích nejsou cesty k adresářům ‚Program Files‘ a ‚Common Program Files‘ na disku lokalizovány. Místo toho jsou lokalizované názvy spojovacími body systému NTFS na nelokalizovaná umístění. Kromě toho shell systému Windows lokalizuje název složky Program Files v závislosti na jazyce zobrazení uživatelského rozhraní systému.
Jak ‚Program Files‘, tak ‚Common Program Files‘ lze přesunout. Při spuštění systému se skutečné cesty k ‚Program Files‘ a ‚Common Program Files‘ načítají z registru systému Windows, kde jsou uloženy v hodnotách ProgramFilesDir a CommonFilesDir pod HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion. Poté jsou zpřístupněny zbytku systému prostřednictvím nestálých proměnných prostředí %ProgramFiles% a %CommonProgramFiles%. Aplikace mohou také získat umístění těchto cest dotazem na Setup API pomocí dirids nebo prostřednictvím nástroje Windows Management Instrumentation, případně dotazem na shell pomocí CSIDL nebo ShellSpecialFolderConstants. Všechny tyto metody jsou nezávislé na lokalizaci.
Verze systému Windows s architekturou x86-64 a IA-64 mají dvě složky pro soubory aplikací: Složka Program Files slouží jako výchozí cíl instalace 64bitových programů, zatímco složka Program Files (x86) je výchozím cílem instalace 32bitových programů, které potřebují emulační vrstvu WoW64. Ačkoli 64bitové verze systému Windows mají také proměnnou prostředí %ProgramFiles(x86)%, diridy a CSIDL se mezi 32bitovým a 64bitovým prostředím neliší; rozhraní API pouze vracejí různé výsledky v závislosti na tom, zda je volající proces emulován, nebo ne.
Z důvodu zpětné kompatibility s verzí 8.3 omezení staré alokační tabulky souborů jsou názvy „Program Files“, „Program Files (x86)“ a „Common Program Files“ zkráceny systémem na progra~N a common~N, kde N je číslice, pořadové číslo, které při čisté instalaci bude 1 (nebo 1 a 2, pokud jsou přítomny jak „Program Files“, tak „Program Files (x86)“).
Je-li systém Windows nainstalován na svazek NTFS, mohou složku ‚Program Files‘ ve výchozím nastavení upravovat pouze členové uživatelských skupin ‚Administrators‘. To může být problém pro programy vytvořené pro Windows 9x. Tyto operační systémy neměly zabezpečení souborového systému, a programy proto mohly svá data ukládat také do složky ‚Program Files‘. Programy, které ukládají svá data v adresáři ‚Program Files‘, obvykle nepoběží správně v systémech Windows NT s běžnými uživatelskými právy, pokud není sníženo zabezpečení dotčených podadresářů. Systém Windows Vista tento problém řešil zavedením virtualizace souborů a registru. Pokud je tato virtualizace pro proces povolena, systém Windows uloží změny ve složce ‚Program Files‘ do adresáře %LocalAppData%\VirtualStore\Program Files (x86).
.