Kvantitativní polymerázová řetězová reakce v reálném čase (qPCR) je standardní technikou ve většině laboratoří používanou pro různé aplikace v základním výzkumu. Analýza dat qPCR je klíčovou součástí celého experimentu, což vedlo k vývoji nepřeberného množství metod. Uvolněné nástroje buď pokrývají specifické části pracovního postupu, nebo poskytují kompletní řešení analýzy.
Zde jsme provedli průzkum 27 otevřených softwarových balíčků a nástrojů pro analýzu dat qPCR. Průzkum zahrnuje 8 nástrojů pro Microsoft Windows, 5 webových nástrojů, 9 nástrojů založených na R a 5 nástrojů z jiných platforem. Přezkoumané balíčky a nástroje podporují analýzu různých aplikací qPCR, jako je kvantifikace RNA, metylace DNA, genotypizace, identifikace variací počtu kopií a digitální PCR. Uvádíme přehled funkcí, vlastností a specifických požadavků jednotlivých softwarových nástrojů, jako jsou formáty pro výměnu dat, dostupnost grafického uživatelského rozhraní, zahrnuté postupy pro grafickou prezentaci dat a nabízené statistické metody. Dále uvádíme přehled o kvantifikačních strategiích a referujeme o různých aplikacích qPCR.
Náš komplexní průzkum ukázal, že většina nástrojů používá vlastní formát souborů a pouze zlomek v současnosti existujících nástrojů podporuje standardizovaný formát pro výměnu dat RDML. Aby bylo možné zefektivnit a srovnávat analýzu dat qPCR, je třeba, aby více dodavatelů a nástrojů přizpůsobilo standardizovaný formát a podpořilo tak výměnu dat mezi softwarem přístroje, analytickými nástroji a výzkumnými pracovníky.