Od státu Maine po Georgii byl kdysi systém Apalačského pohoří téměř zcela pokrytý lesem. V Appalačích a přilehlých oblastech, zejména v jižní části Apalačského pohoří, dodnes rostou jedny z nejlepších a nejrozsáhlejších listnatých lesů na světě. Na severu rostou jehličnany (červený smrk a balzámová jedle, které rostou v nejvyšších polohách a odlišují kanadské a mainské lesy) a severské tvrdé dřeviny (javor cukrový, buk lesní, jasan, bříza, červený a bílý dub). Jižněji rostou hikory, topoly, ořešáky, platany a kdysi významné a – než je zničila plíseň – hojné kaštany. Všechny tyto a další ze 140 druhů apalačských stromů se vyskytují v jižní horské oblasti. Ve vysokých nadmořských výškách rostou zástupci kanadského lesa, zatímco na západních svazích Velkých Smokies s hojnými srážkami rostou stromy, které dosahují rekordní maximální výšky a průměru. Patří mezi ně tulipánovník (žlutý topol), bukvice, východní (kanadský) bolehlav a kaštanový dub.
Vzájemně závislý systém růstu jižních rostlin známý jako „apalačský les“ je velmi složitý. Tvoří jednu z velkých rostlinných provincií Země. Nacházejí se zde stromy, které přinášejí bujnou květenu, jako je serviceberry, redbud, hloh, tulipánovník, dřín, saranče, sourwood a mnoho dalších. Mezi četné keře s obzvláště nápadnými květy patří rododendron, azalka a vavřín. Některé vrcholy jižních Apalačů se nazývají vřesovištní lysiny – otevřené louky nebo pastviny střídané hustými porosty vřesu. Jednou z nejrozsáhlejších je hora Roan Mountain v Unakasu mezi Severní Karolínou a Tennessee, na jejímž vysokém vrcholu a na svazích se rozprostírá asi 1 200 akrů přírodních zahrad se zářivými růžemi a růžovými a fialovými rododendrony. Odhaduje se, že z přibližně 2 000 druhů apalačské flóry je asi 200 původních a zcela omezených na jižní Apalače. Součástí složitého apalačského rostlinstva jsou také kapradiny, mechy a houby mnoha druhů.
Bisoni, losi a vlci, kdysi běžní v Apalačském pohoří, již dávno vymizeli, i když losi se následně do severních hor vrátili; v nejsevernějších koutech regionu se stále vyskytují karibu a losi. V ostatních oblastech se roztroušeně vyskytuje medvěd černý, jelenec běloocasý, prase divoké, liška, mýval, bobr a řada dalších drobných živočichů. Ve všech oblastech Apalače, od poloostrova Gaspé až po Georgii, žije bohatý ptačí svět. Jen ve Velkém kouřovém pohoří bylo zaznamenáno asi 200 druhů lovných a zpěvných ptáků.