Aktiivinen immunisaatio on immuniteetin indusoiminen antigeenille altistumisen jälkeen. Vastaaineet syntyvät vastaanottajan toimesta, ja ne voivat säilyä pysyvästi.
Aktiivinen immunisaatio voi tapahtua luonnollisesti, kun mikrobin tai muun antigeenin saa henkilö, joka ei ole vielä ollut kosketuksissa mikrobin kanssa eikä hänellä ole valmiita vasta-aineita puolustautumista varten. Immuunijärjestelmä luo lopulta vasta-aineita mikrobia vastaan, mutta tämä on hidas prosessi, ja jos mikrobi on tappava, vasta-aineet eivät välttämättä ehdi tulla käyttöön.
Tekoisessa aktiivisessa immunisaatiossa mikrobi ruiskutetaan ihmiseen ennen kuin hän pystyy ottamaan sen vastaan luonnollisesti. Mikrobia käsitellään, jotta se ei vahingoita tartunnan saanutta henkilöä. Tautityypistä riippuen tämä tekniikka toimii myös kuolleilla mikrobeilla, mikrobin osilla tai mikrobin käsitellyillä toksiineilla. Yleinen esimerkki tästä aktiivisen immunisoinnin muodosta on rokotukset, jotka ovat johtaneet menneisyydessä ja jopa nykyään useisiin kiistoihin niiden turvallisuudesta.
Joitakin tärkeimpiä huolenaiheita vuosien varrella koskien rokotuksia ja rokottamista kokonaisuudessaan koko länsimaissa on ollut niiden huhuttu yhteys autismin puhkeamiseen. Kuitenkin tämä huhu, joka alkoi vuonna 1998 sen jälkeen, kun julkaistiin surullisenkuuluisa ja epätarkka lääketieteellinen artikkeli, jota on sittemmin kutsuttu Lancet MMR-autismihuijaukseksi. Sitä seurannut massiivinen paniikki on luokiteltu todennäköisesti viime vuosisadan vahingollisimmaksi lääketieteelliseksi huijaukseksi, koska se on saanut huolestuneet vanhemmat välttämään MMR-rokotetta kokonaan, mikä on vaarantanut lisää ihmishenkiä. Poliorokotukseen liittyvä tehokas aktiivinen immunisaatio on vaikuttanut siihen, että poliorokotus on lähes hävitetty maailmanlaajuisesti koko 1900-luvun ajan ja toistaiseksi koko 2000-luvun alussa. Nigerian alueet ovat kuitenkin edelleen pahamaineisia polion tartunta-alueita, vaikka Maailman terveysjärjestö, Yhdistyneet Kansakunnat sekä Bill ja Melinda Gatesin säätiö ovat lisänneet rokotustoimia. Suuri osa huolenaiheista ja vastaiskuista, jotka ovat estäneet aktiivisen poliorokotuksen tehokkaan levittämisen Nigerian eri osissa ja muualla, eivät ole johtuneet ainoastaan terroristitoiminnasta ja avustustyöntekijöiden tappamisesta, vaan myös länsimaisten lääkäreiden valheellisista ja huhutuista sterilisaatioaloitteista.