Tämä kappale toimii albumin loppuna, ja siinä on kovaääninen, toistuva melodia, joka rakentuu ja päättyy sitten hyvin hiljaiseen outroon. Kun pääinstrumentaatio loppuu kohdassa 1:30, ensimmäisen kappaleen, ”Speak to Me”, sydämenlyönnin ääni tulee esiin, joka esiintyy jälleen 9/8-taajuudella, ja hiljenee vähitellen hiljaisuuteen.
Harmonisesti kappale koostuu toistuvasta 4-tahtisesta sointukulusta: D, D/C, B♭maj7 ja A7sus4, joka purkautuu A7:ään. Bassolinja on laskeva tetrachord.
David Gilmour nauhoitti kaksi raitaa rytmikitaraa soittaen arpeggiota, toisen avoimessa asennossa ja toisen paljon ylempänä, noin kymmenennen fretin kohdalla. Matalampi kitaraosuus sisältää avoimet G- ja E-kielet B♭maj7:n aikana, jolloin tuloksena on lisätty kuudesosa ja dissonantti augmentoitu neljäsosa. Naispuolinen taustalaulajakvartetti vaihtelee osuuksiaan, lisää äänenvoimakkuutta ja kaikui joitakin Roger Watersin sanoituksia, kun kappaleen intensiteetti kasvaa. Sointukulun viimeisellä toistolla B♭maj7 johtaa suoraan kliimaksiin D-duurissa, mikä johtaa ”kirkastavaan” efektiin (joka tunnetaan nimellä Picardy-kolmannes), kun edellä mainittu viittaus d-molliin B♭maj7-soinnussa siirtyy duuriin.
Waters kirjoitti sanoitukset ”Brain Damage”/”Eclipse”-loppusekvenssiä varten matkalla, koska koki, että koko kappale oli ”keskeneräinen”. Loppusanat, jotka lauletaan kappaleessa ja itse asiassa albumilla The Dark Side of the Moon, ohjaavat kuulijaa: ”and everything under the sun is in tune, but the sun is eclipsed by the moon”. Waters selitti näiden sanojen sekä koko kappaleen merkitystä väittämällä:
En näe sitä arvoituksena. Albumi käyttää aurinkoa ja kuuta symboleina; valoa ja pimeyttä; hyvää ja pahaa; elämänvoimaa kuolemanvoiman vastakohtana. Minusta se on hyvin yksinkertainen toteamus, joka kertoo, että kaikki se hyvä, mitä elämä voi tarjota, on olemassa meidän ulottuvillamme, mutta jonkin pimeän voiman vaikutus luonteessamme estää meitä tarttumasta niihin. Laulu puhuttelee kuulijaa ja sanoo, että jos sinä, kuulija, olet tuon voiman vaikutuspiirissä ja jos tuo voima on sinulle huoli, niin minäkin tunnen aivan samoin. Rivi ’I’ll see you on the dark side of the moon’ on minä, joka puhuttelen kuulijaa ja sanon: ’Tiedän, että sinulla on näitä pahoja tunteita ja impulsseja, koska minullakin on niitä, ja yksi keino, jolla voin luoda suoran kontaktin sinuun, on jakaa kanssasi sen tosiasian, että minullakin on joskus paha olo.’
Abbey Road -studion ovenvartija Gerry O’Driscoll kuullaan puhuvan kello 1:37, jolloin hän vastaa kysymykseen: ”Mikä on ’kuun pimeä puoli’?”: ”Kuun pimeää puolta ei oikeastaan ole. Itse asiassa se on kokonaan pimeä. Ainoa asia, joka saa sen näyttämään valoisalta, on aurinko.”
Aivan nauhoituksen lopussa kuuluu heikosti katkelma orkesteriversiosta Beatlesin kappaleesta ”Ticket to Ride”, jonka Hollyridge Strings coveroi. Se oli tahatonta: musiikki soi taustalla Abbey Roadilla, kun Gerry O’Driscollia äänitettiin. Tätä ei ole mukana albumin vuoden 1983 japanilaisella Black Triangle -CD-julkaisulla; ääniteknikot kopioivat yhden sydämenlyöntinäytteistä, poistivat orkestraalisen ”Ticket to Riden”, liittivät näytteen toistuvasti sisään ja häivyttivät uuden outron pois.