Organisoitu aseellinen vastarinta oli juutalaisten voimakkain tapa vastustaa natsien politiikkaa Saksan miehittämässä Euroopassa. Juutalaiset siviilit tarjosivat aseellista vastarintaa yli sadassa ghetossa miehitetyssä Puolassa ja Neuvostoliitossa.
Huhti-toukokuussa 1943 Varsovan gheton juutalaiset nousivat aseelliseen kapinaan sen jälkeen, kun oli levinnyt huhuja siitä, että saksalaiset aikoivat karkottaa jäljelle jääneet gheton asukit Treblinkan tappokeskukseen. Kun saksalaiset SS- ja poliisiyksiköt tunkeutuivat gettoon, Juutalaisen taistelujärjestön (Zydowska Organizacja Bojowa; ZOB) ja muiden juutalaisryhmien jäsenet hyökkäsivät saksalaisten panssarivaunujen kimppuun Molotovin cocktaileilla, käsikranaateilla ja kourallisella käsiaseita. Vaikka saksalaiset, jotka olivat järkyttyneitä vastarinnan raivoisuudesta, pystyivät lopettamaan suurimmat taistelut muutamassa päivässä, kesti lähes kuukauden, ennen kuin Saksan ylivoimaiset joukot saivat gheton täysin rauhoitettua ja karkotettua lähes kaikki jäljellä olevat asukkaat. Vielä kuukausia Varsovan gettokapinan päättymisen jälkeen yksittäiset juutalaiset vastustajat piileskelivät edelleen getton raunioilla, joita SS- ja poliisiyksiköt partioivat estääkseen hyökkäykset saksalaisia vastaan.
Samana vuonna gettojen asukkaat nousivat saksalaisia vastaan Vilnassa (Vilna), Bialystokissa ja useissa muissa gettoissa. Monet gettotaistelijat tarttuivat aseisiin tietoisina siitä, että suurin osa gettojen asukkaista oli jo karkotettu tappokeskuksiin; ja myös tietoisina siitä, että heidän vastarintansa ei vielä nytkään voinut pelastaa tuholta jäljellä olevia juutalaisia, jotka eivät kyenneet taistelemaan. Mutta he taistelivat juutalaisten kunnian vuoksi ja kostaakseen niin monien juutalaisten teurastuksen.
Tuhannet nuoret juutalaiset vastustivat pakenemalla ghetoista metsiin. Siellä he liittyivät neuvostoliittolaisiin partisaaniyksiköihin tai muodostivat erillisiä partisaaniyksiköitä ahdistellakseen saksalaisia miehittäjiä.
Vaikka monet juutalaisneuvoston (Judenrat) jäsenet tekivät pakon edessä yhteistyötä saksalaisten kanssa siihen asti, kunnes heidät itse karkotettiin, jotkut, kuten juutalaisneuvoston puheenjohtaja Moshe Jaffe Minskissä, tekivät vastarintaa kieltäytymällä tottelemasta, kun saksalaiset käskivät häntä luovuttamaan juutalaisia karkotettavaksi heinäkuussa 1942.
Juutalaisvangit nousivat kolmeen tappokeskukseen vartijoita vastaan. Treblinkassa elokuussa 1943 ja Sobiborissa lokakuussa 1943 varastetuilla aseilla aseistautuneet vangit hyökkäsivät SS-henkilökuntaa ja Trawnikin kouluttamia apuvartijoita vastaan. Saksalaiset ja heidän apujoukkonsa tappoivat suurimman osan kapinallisista joko kapinan aikana tai myöhemmin jahdattuaan pakenevia. Useat kymmenet vangit pakenivat kuitenkin takaa-ajajiaan ja selvisivät sodasta. Lokakuussa 1944 Auschwitz-Birkenaun vankilassa juutalaisen erityisosaston (Sonderkommando) jäsenet kapinoivat SS-vartijoita vastaan. Lähes 250 kuoli taisteluissa; SS-vartijat ampuivat toiset 200 kapinan tukahduttamisen jälkeen. Useita päiviä myöhemmin SS tunnisti viisi naista, joista neljä oli juutalaisia, jotka olivat olleet mukana toimittamassa Sonderkommandon jäsenille räjähteitä krematorion räjäyttämistä varten. Kaikki viisi naista tapettiin.
Monissa saksalaisten miehittämissä tai niiden kanssa liittoutuneissa maissa juutalaisten vastarinta ilmeni usein auttamisen ja pelastamisen muodossa. Palestiinan juutalaisviranomaiset lähettivät Hannah Szenesin kaltaisia salaisia laskuvarjohyppääjiä Unkariin ja Slovakiaan vuonna 1944 antamaan kaiken mahdollisen avun piileskeleville juutalaisille. Ranskassa juutalaisen maanalaisen toiminnan eri osa-alueet yhdistyivät ja muodostivat erilaisia vastarintaryhmiä, kuten Etelä-Ranskassa toiminut Armée Juive (juutalaisarmeija). Monet juutalaiset taistelivat kansallisten vastarintaliikkeiden jäseninä Belgiassa, Ranskassa, Italiassa, Puolassa, Jugoslaviassa, Kreikassa ja Slovakiassa.
Juutalaiset ghetoissa ja leireillä vastasivat natsien sortoon myös erilaisilla henkisen vastarinnan muodoilla. He pyrkivät tietoisesti säilyttämään juutalaisen kansan historian ja yhteisöllisen elämän huolimatta natsien pyrkimyksistä hävittää juutalaiset ihmisten muistista. Näihin ponnisteluihin kuuluivat: juutalaisten kulttuurilaitosten perustaminen, uskonnollisten juhlapyhien ja rituaalien noudattamisen jatkaminen, salakoulutuksen tarjoaminen, maanalaisten sanomalehtien julkaiseminen sekä asiakirjojen kerääminen ja piilottaminen, kuten Varsovassa sijainneen Oneg Shabbat -arkiston tapauksessa, joka kertoisi Varsovan gheton juutalaisten tarinan, vaikka se tuhoutui vuonna 1943.