Kvantitatiivinen reaaliaikainen polymeraasiketjureaktio (qPCR) on useimpien laboratorioiden vakiotekniikka, jota käytetään erilaisiin sovelluksiin perustutkimuksessa. qPCR-datan analysointi on keskeinen osa koko koetta, mikä on johtanut lukuisten menetelmien kehittämiseen. Julkaistut työkalut joko kattavat tiettyjä työnkulun osia tai tarjoavat täydellisiä analyysiratkaisuja.
Tässä kartoitimme 27 avointa ohjelmistopakettia ja työkalua qPCR-datan analysointiin. Kyselyssä on mukana 8 Microsoft Windows-, 5 web-pohjaista, 9 R-pohjaista ja 5 työkalua muilta alustoilta. Tutkitut paketit ja työkalut tukevat erilaisten qPCR-sovellusten, kuten RNA:n kvantifioinnin, DNA-metylaation, genotyypityksen, kopiolukuvariaatioiden tunnistamisen ja digitaalisen PCR:n, analysointia. Raportoimme yleiskatsauksen yksittäisten ohjelmistotyökalujen toiminnallisuudesta, ominaisuuksista ja erityisvaatimuksista, kuten tiedonsiirtoformaateista, graafisen käyttöliittymän saatavuudesta, tietojen graafiseen esittämiseen tarkoitetuista menettelyistä ja tarjotuista tilastollisista menetelmistä. Lisäksi annamme yleiskatsauksen kvantifiointistrategioista ja raportoimme qPCR:n erilaisista sovelluksista.
Kattavasta tutkimuksestamme kävi ilmi, että useimmat työkalut käyttävät omia tiedostomuotojaan ja vain murto-osa tällä hetkellä käytössä olevista työkaluista tukee standardoitua tiedonsiirtoformaattia RDML. Jotta qPCR-dataa voitaisiin analysoida virtaviivaisemmin ja vertailukelpoisemmin, useampien toimittajien ja työkalujen on mukautettava standardoitu formaatti, jotta voidaan edistää tietojen vaihtoa laiteohjelmistojen, analyysityökalujen ja tutkijoiden välillä.