Kreivi Muzio Tuttavilla tilasi XVI vuosisadalla Sarno-joen laaksossa kunnostustöitä, joiden tarkoituksena oli kanavan kaivaminen. Kaivausten aikana arkkitehti Fontana löysi joitakin rakennuksia, joiden seinät oli koristeltu, alueelta, joka tunnetaan nimellä ”Collina della Civita”. Tämä löytö dokumentoitiin ja jätettiin siihen, ja kanavatyöt jatkuivat. Kaivaukset Pompeijissa alkoivat uudelleen vuonna 1748 Bourbonin Kaarlen valtakaudella, kun Herculaneumissa jo käynnissä olleissa kaivauksissa tehtiin sensaatiomaisia löytöjä. Pompeijin kaivaukset olivat monumentaalinen ponnistus, ja resursseja käytettiin kaikkien aikojen suurimpiin kaivauksiin. Muutamia lyhyitä keskeytyksiä lukuun ottamatta se on jatkunut tähän päivään asti. Koska Herculaneumia peitti mutavyöry, kaivaukset etenivät Pompeijissa paremmin, koska jähmettyneen mutapeitteen poistaminen oli paljon vaikeampaa kuin Pompeijin kaivaminen esiin tuhkakerroksista ja lapillisista kivistä.
Kiinnostus Pompeijin tutkimukseen sai uutta puhtia, kun vuosien 1806 ja 1832 välisenä aikana löydettiin monia Foorumin ympärillä sijaitsevia rakennuksia ja joitakin arvokkaita taloja.
Vuonna 1860 Giuseppe Fiorelli nimitettiin Pompeijin arkeologisen kohteen johtajaksi, ja hän otti ensimmäisenä käyttöön metodologian, jossa yhdistettiin löytötutkimus ja konservoinnin käsite. Tätä tekniikkaa sovellettiin kaikkiin meneillään oleviin kaivauksiin, joita ei siitä lähtien enää innoittanut yksioikoisesti pelkkä halu löytää arvokkaita esineitä ja tärkeitä rakennuksia.
Ensimmäistä kertaa halu herättää henkiin yksi historian suurimmista kaupungeista johti rationaalisiin ja hyvin suunnitelmallisiin kaivauksiin talosta taloon. Otettiin käyttöön kaivamistekniikka, jossa kaivaukset aloitettiin katon tasolta ja siirryttiin kerros kerrokselta alaspäin kohti lattiaa, jotta estettäisiin rakennusten sortuminen ulospäin aiemmin kaivetuille teille.
Vuosien 1875 ja 1893 välisenä aikana seurasi tärkeä tutkimusvaihe arkkitehti Michele Ruggieron johdolla. Paljastettiin monia saarekkeita sekä lukuisia taloja alueilta, jotka tunnettiin nimillä ”REGIO V”, ”REGIO VIII” ja ”REGIO IX”, mutta mikä tärkeintä, aloitettiin talojen seinistä löytyneiden yli viiden sadan freskomaalauksen restaurointityöt.
Työt kokivat herkän vaiheen Vittorio Spinazzolan johdolla, ja vuosina 1910-1924 tehdyissä kaivauksissa keskityttiin kaupungin eteläisiin alueisiin. Tavoitteena oli kaivaa esiin koko päätien, Via dell’Abbondanzan, pätkä ja tuoda esiin tien varrella sijaitsevien rakennusten julkisivut, jotka yhdistävät amfiteatterin Forumiin. Tämä aiheutti ongelmia rakennusten julkisivujen hillitsemisessä, sillä niiden sisällä olevat suuret tuhkamäärät aiheuttivat nyt paineita.
Lisäksi se, että tutkijat löysivät jatkuvasti mielenkiintoisia esineitä, johti siihen, että he toisinaan alkoivat kaivautua saarekkeisiin silkasta uteliaisuudesta ja hylkäsivät ne sitten. Niinpä nykyään löytyy useita taloja, jotka on kaivettu esiin vain osittain. Sitten tuli arkeologi Amedeo Maiuri, joka oli vastuussa monien esineiden löytämisestä vuosina 1924-1961 ja ennen kaikkea lukuisten tutkimusten ja perustavanlaatuisten tulkintojen tekijä. Hänen ansiostaan monet tärkeät luvut on kirjoitettu arkeologian suureen kirjaan, jota me kutsumme Pompejiksi.
Giuseppe Spano, akateemisen maailman vaikuttaja, joka toimi arkeologisten kaivausten johtajana Maiurin aikana, oli monien teosten kirjoittaja, jotka ovat auttaneet ymmärtämään Vesuviuksen ympärillä sijaitsevien asutusten historiaa.
Nykyaikaa ovat leimanneet paitsi uudet löydöt myös vakavat ongelmat, jotka liittyvät menneisyyden löytöjen säilyttämiseen (Italian valtio on osoittanut kansantalouden tilasta huolimatta suurta haluttomuutta käyttää julkisia varoja tällä alalla ), sekä tarve avata uusia lukuja Pompejin historiassa osana monitieteellistä lähestymistapaa.
Pompejin historiaa on käsitelty monitieteisesti.