Zorganizowany zbrojny ruch oporu był najsilniejszą formą żydowskiego sprzeciwu wobec polityki nazistów w okupowanej przez Niemców Europie. Żydowska ludność cywilna stawiała zbrojny opór w ponad 100 gettach w okupowanej Polsce i Związku Radzieckim.
W kwietniu-maju 1943 r. Żydzi w getcie warszawskim podnieśli zbrojny bunt po pogłoskach, że Niemcy zamierzają deportować pozostałych mieszkańców getta do ośrodka zagłady w Treblince. Gdy niemieckie oddziały SS i policji wkroczyły do getta, członkowie Żydowskiej Organizacji Bojowej (ZOB) i innych grup żydowskich zaatakowali niemieckie czołgi przy pomocy koktajli Mołotowa, granatów ręcznych i broni krótkiej. Chociaż Niemcy, zszokowani zaciekłością oporu, byli w stanie zakończyć główne walki w ciągu kilku dni, zajęło im to prawie miesiąc, zanim udało im się całkowicie spacyfikować getto i wysiedlić praktycznie wszystkich jego mieszkańców. Przez wiele miesięcy po zakończeniu powstania w getcie warszawskim pojedynczy żydowscy opozycjoniści nadal ukrywali się w ruinach getta, które były patrolowane przez oddziały SS i policji, aby zapobiec atakom na niemiecki personel.
W tym samym roku mieszkańcy gett powstali przeciwko Niemcom w Wilnie (Vilnius), Białymstoku i kilku innych gettach. Wielu bojowników gett stanęło do walki ze świadomością, że większość mieszkańców gett została już deportowana do ośrodków zagłady; a także ze świadomością, że ich opór nawet teraz nie może uchronić od zagłady pozostałych Żydów, którzy nie mogą walczyć. Ale oni walczyli w imię żydowskiego honoru i pomszczenia rzezi tak wielu Żydów.
Tysiące młodych Żydów stawiało opór, uciekając z gett do lasów. Tam dołączyli do sowieckich oddziałów partyzanckich lub utworzyli oddzielne oddziały partyzanckie, by nękać niemieckich okupantów.
Choć wielu członków rady żydowskiej (Judenratu) współpracowało pod przymusem z Niemcami aż do momentu, gdy sami zostali deportowani, niektórzy, jak przewodniczący rady żydowskiej Mosze Jaffe w Mińsku, stawiali opór, odmawiając podporządkowania się, gdy Niemcy nakazali mu przekazać Żydów do deportacji w lipcu 1942 r.
Żydowscy więźniowie powstali przeciwko swoim strażnikom w trzech ośrodkach zagłady. W Treblince w sierpniu 1943 r. i w Sobiborze w październiku 1943 r. więźniowie uzbrojeni w skradzioną broń zaatakowali załogę SS i wyszkolonych w Trawnikach strażników pomocniczych. Niemcy i ich pomocnicy zabili większość powstańców w czasie powstania lub później, po upolowaniu tych, którzy uciekli. Kilkudziesięciu więźniów wymknęło się jednak prześladowcom i przeżyło wojnę. W październiku 1944 r. w Auschwitz-Birkenau członkowie żydowskiego oddziału specjalnego (Sonderkommando) zbuntowali się przeciwko strażnikom SS. W walce zginęło blisko 250 osób, a po stłumieniu buntu esesmani rozstrzelali kolejnych 200. Kilka dni później SS zidentyfikowało pięć kobiet, w tym cztery Żydówki, które były zaangażowane w dostarczanie członkom Sonderkommando materiałów wybuchowych do wysadzenia krematorium. Wszystkie pięć kobiet zostało zabitych.
W wielu krajach okupowanych przez Niemców lub sprzymierzonych z nimi, żydowski opór często przybierał formę pomocy i ratunku. Władze żydowskie w Palestynie wysłały w 1944 r. na Węgry i Słowację tajnych spadochroniarzy, takich jak Hannah Szenes, by udzielali wszelkiej możliwej pomocy ukrywającym się Żydom. We Francji różne elementy żydowskiego podziemia połączyły się w różne grupy oporu, w tym Armée Juive (Armia Żydowska), która działała na południu Francji. Wielu Żydów walczyło jako członkowie narodowych ruchów oporu w Belgii, Francji, Włoszech, Polsce, Jugosławii, Grecji i na Słowacji.
Żydzi w gettach i obozach odpowiadali na nazistowski ucisk także różnymi formami oporu duchowego. Podejmowali oni świadome próby zachowania historii i życia zbiorowego narodu żydowskiego, mimo nazistowskich dążeń do wykorzenienia Żydów z ludzkiej pamięci. Wysiłki te obejmowały: tworzenie żydowskich instytucji kulturalnych, dalsze przestrzeganie świąt i rytuałów religijnych, prowadzenie tajnej edukacji, wydawanie podziemnych gazet oraz gromadzenie i ukrywanie dokumentacji, jak w przypadku archiwum Oneg Szabat w Warszawie, które miało opowiedzieć historię Żydów w getcie warszawskim, mimo jego zniszczenia w 1943 r.
.