W XVI wieku hrabia Muzio Tuttavilla zlecił prace rekultywacyjne w dolinie rzeki Sarno w celu wykopania kanału. Podczas wykopalisk, architekt Fontana znalazł kilka budynków z dekorowanymi ścianami na obszarze znanym jako „Collina della Civita”. Znalezisko to zostało udokumentowane i na tym poprzestano, a prace nad kanałem kontynuowano. Wykopaliska w Pompejach rozpoczęły się ponownie w 1748 roku za panowania Karola Burbońskiego, podczas gdy wykopaliska prowadzone już w Herculaneum zapowiadały sensacyjne odkrycia. Wykopaliska w Pompejach były monumentalnym przedsięwzięciem, a środki przeznaczono na największe prace wykopaliskowe, jakie kiedykolwiek przeprowadzono. Z kilkoma krótkimi przerwami trwają one do dnia dzisiejszego. Ponieważ Herculaneum zostało przykryte przez lawinę błotną, prace wykopaliskowe w Pompejach posuwały się naprzód, ponieważ znacznie trudniej było usunąć stwardniały kożuch zastygłego błota niż odkopać Pompeje z warstw popiołu i kamieni lapilli.
Zainteresowanie badaniami w Pompejach nabrało nowego rozmachu, gdy w latach 1806-1832 odnaleziono wiele budynków wokół Forum i niektóre z prestiżowych domów.
W 1860 roku Giuseppe Fiorelli został mianowany dyrektorem stanowiska archeologicznego w Pompejach i jako pierwszy wprowadził metodologię, która łączyła odkrycie z koncepcją konserwacji. Technika ta została zastosowana do wszystkich prowadzonych wykopalisk, które od tej pory nie były już inspirowane wyłącznie chęcią odnalezienia cennych przedmiotów i ważnych budowli.
Po raz pierwszy chęć przywrócenia do życia jednego z najwspanialszych miast w historii doprowadziła do racjonalnych i dobrze zaplanowanych wykopalisk prowadzonych od domu do domu. Technika kopania, w której wykopy rozpoczynały się na poziomie dachu i posuwały się w dół w kierunku podłogi warstwa po warstwie, została wprowadzona, aby zapobiec zawaleniu się budynków na zewnątrz na wcześniej wykopane drogi.
Ważna faza badań nastąpiła w latach 1875-1893 pod kierownictwem architekta Michele Ruggiero. Odkryto wiele insulae, jak również liczne domy w obszarach znanych jako „REGIO V”, „REGIO VIII” i „REGIO IX”, ale, co ważniejsze, rozpoczęto prace konserwatorskie nad ponad pięciuset malowidłami freskowymi znalezionymi na ścianach domów.
Prace przeszły przez delikatną fazę pod kierunkiem Vittorio Spinazzola, a wykopaliska prowadzone w latach 1910-1924 koncentrowały się na południowych obszarach miasta. Ich celem było odkopanie całego odcinka głównej drogi, Via dell’Abbondanza, wydobywając na światło dzienne fasady budynków znajdujących się wzdłuż niej i łączących Amfiteatr z Forum. Spowodowało to problemy z utrzymaniem fasad budynków, ponieważ były one teraz pod naciskiem dużej ilości popiołu znajdującego się w ich wnętrzu.
Co więcej, fakt, że badacze ciągle znajdowali interesujące przedmioty oznaczał, że czasami zaczynali kopać w insulae z czystej ciekawości, a następnie je porzucali. W ten sposób dziś znajdujemy kilka domów, które zostały odkopane tylko częściowo. Następnie przyszedł archeolog Amedeo Maiuri, który był odpowiedzialny za odkrycie wielu przedmiotów w latach 1924-1961, a przede wszystkim autor licznych studiów i fundamentalnych interpretacji. To właśnie dzięki niemu powstało wiele ważnych rozdziałów w wielkiej księdze archeologii, którą nazywamy Pompejami.
Giuseppe Spano, postać ze świata akademickiego, który pracował jako dyrektor wykopalisk archeologicznych w czasie kurateli Maiuriego, był autorem wielu prac, które pomogły w zrozumieniu historii osadnictwa wokół Wezuwiusza.
Okres współczesny charakteryzuje się nie tylko nowymi odkryciami, ale również poważnymi problemami związanymi z zachowaniem tego, co zostało znalezione w przeszłości (niezależnie od stanu gospodarki narodowej państwo włoskie wykazuje dużą niechęć do wydawania publicznych pieniędzy w tym sektorze), a także koniecznością otwarcia nowych rozdziałów w historii Pompei w ramach podejścia interdyscyplinarnego
.