Real-time quantitative polymerase-chain-reaction (qPCR) is a standard technique in most laboratories used for various applications in basic research. Analiza danych qPCR jest kluczową częścią całego eksperymentu, co doprowadziło do opracowania wielu metod. Udostępnione narzędzia albo pokrywają specyficzne części przepływu pracy, albo dostarczają kompletnych rozwiązań analitycznych.
Przeprowadziliśmy tutaj przegląd 27 ogólnodostępnych pakietów oprogramowania i narzędzi do analizy danych qPCR. W badaniu uwzględniono 8 pakietów Microsoft Windows, 5 webowych, 9 opartych na R oraz 5 narzędzi z innych platform. Analizowane pakiety i narzędzia wspierają analizę różnych aplikacji qPCR, takich jak kwantyfikacja RNA, metylacja DNA, genotypowanie, identyfikacja zmian liczby kopii oraz cyfrowy PCR. Przedstawiamy przegląd funkcjonalności, cech i specyficznych wymagań poszczególnych narzędzi programowych, takich jak formaty wymiany danych, dostępność graficznego interfejsu użytkownika, dołączone procedury graficznej prezentacji danych i oferowane metody statystyczne. Dodatkowo, przedstawiamy przegląd strategii kwantyfikacji i różne zastosowania qPCR.
Nasze wszechstronne badanie wykazało, że większość narzędzi używa własnego formatu plików i tylko część z obecnie istniejących narzędzi obsługuje standardowy format wymiany danych RDML. Aby umożliwić sprawniejszą i bardziej porównywalną analizę danych qPCR, więcej dostawców i narzędzi musi zaadaptować standardowy format, aby zachęcić do wymiany danych pomiędzy oprogramowaniem instrumentu, narzędziami analitycznymi i badaczami.
.