Od Maine do Georgii, Appalachy system górski był kiedyś prawie całkowicie pokryte lasem. Dziś niektóre z najlepszych i najbardziej rozległe lasy liściaste liściaste na świecie nadal kwitną w Appalachach i obszarów granicznych, zwłaszcza w południowej Appalachów. Na północy znajdują się drzewa iglaste (świerk czerwony i jodła balsamiczna, które rosną na najwyższych wysokościach i wyróżniają lasy kanadyjskie i Maine) oraz północne lasy liściaste (klon cukrowy, buk, jesion, brzoza oraz dąb czerwony i biały). Dalej na południe znajdują się hikory, topole, orzechy włoskie, jawory, a kiedyś ważne i – zanim zniszczyła je zaraza – obfite kasztany. Wszystkie te gatunki, a także inne spośród 140 gatunków drzew Appalachów, występują w południowym regionie górskim. Na wyniosłych wzniesieniach żyją przedstawiciele lasów kanadyjskich, a na zachodnich stokach Great Smokies, obfitujących w opady, rosną drzewa, które osiągnęły rekordową maksymalną wysokość i średnicę. Wśród nich są tulipanowiec (topola żółta), gryka, cykuta wschodnia (kanadyjska) i dąb kasztanowy.
Współzależny system południowego wzrostu roślin znany jako „las Appalachów” jest bardzo złożony. Tworzy on jedną z wielkich prowincji kwiatowych Ziemi. Istnieją drzewa, które ponoszą bujne kwitnienie, takie jak serviceberry, redbud, głóg, tulipanowiec, dogwood, locust, sourwood, i wiele innych. Wśród licznych krzewów o szczególnie efektownych kwiatach są rododendrony, azalie i wawrzynki górskie. Niektóre szczyty południowych Appalachów nazywane są wrzosowiskami – otwarte łąki lub pastwiska poprzecinane gęstymi porostami wrzosów. Roan Mountain w North Carolina-Tennessee Unakas jest jednym z najbardziej rozległych z tych, z około 1200 akrów naturalnych ogrodów rozprzestrzeniania żywe róże i różowe i purpurowe rododendron w całej jego wysokiej pinnacle iw dół jego stokach. Szacuje się, że z około 2.000 gatunków flory Appalachów, może 200 są rodzime i całkowicie ograniczone do południowych Appalachów. Paprocie, mchy i grzyby wielu gatunków są również częścią złożonego Appalachów roślin life.
Żubry, łosie i wilki, niegdyś powszechne w Appalachach, zniknęły dawno temu, choć łosie następnie powróciły w północne góry; karibu i łosie nadal występują w najbardziej na północ wysuniętych zakątkach regionu. Rozproszone po innych obszarach są czarny niedźwiedź, jeleń, dzik, lis, szop, bóbr i wiele innych małych zwierząt. Wszystkie obszary Appalachów, od półwyspu Gaspé po Georgię, zamieszkuje bogate ptactwo. W samych tylko Great Smoky Mountains odnotowano około 200 odmian ptaków łownych i śpiewających.
.