Real-time quantitative polymerase-chain-reaction (qPCR) è una tecnica standard nella maggior parte dei laboratori usata per varie applicazioni nella ricerca di base. L’analisi dei dati qPCR è una parte cruciale dell’intero esperimento, che ha portato allo sviluppo di una pletora di metodi. Gli strumenti rilasciati coprono parti specifiche del flusso di lavoro o forniscono soluzioni complete di analisi.
Qui, abbiamo esaminato 27 pacchetti software ad accesso aperto e strumenti per l’analisi dei dati qPCR. L’indagine include 8 Microsoft Windows, 5 basati sul web, 9 basati su R e 5 strumenti di altre piattaforme. I pacchetti e gli strumenti esaminati supportano l’analisi di diverse applicazioni qPCR, come la quantificazione dell’RNA, la metilazione del DNA, la genotipizzazione, l’identificazione delle variazioni del numero di copie e la PCR digitale. Riportiamo una panoramica delle funzionalità, delle caratteristiche e dei requisiti specifici dei singoli strumenti software, come i formati di scambio dati, la disponibilità di un’interfaccia grafica, le procedure incluse per la presentazione grafica dei dati e i metodi statistici offerti. Inoltre, forniamo una panoramica sulle strategie di quantificazione e riportiamo varie applicazioni di qPCR.
La nostra indagine completa ha mostrato che la maggior parte degli strumenti utilizza il proprio formato di file e solo una frazione degli strumenti attualmente esistenti supporta il formato di scambio dati standardizzato RDML. Per consentire un’analisi più snella e comparabile dei dati qPCR, più venditori e strumenti devono adattare il formato standardizzato per incoraggiare lo scambio di dati tra il software dello strumento, gli strumenti di analisi e i ricercatori.
Il nostro sondaggio completo ha mostrato che la maggior parte degli strumenti utilizza il proprio formato di file e solo una frazione degli strumenti esistenti supporta il formato standardizzato RDML.