Dal Maine alla Georgia, il sistema dei Monti Appalachi una volta era quasi totalmente coperto di foreste. Oggi alcune delle migliori e più estese foreste di latifoglie del mondo fioriscono ancora negli Appalachi e nelle zone limitrofe, in particolare nell’Appalachia meridionale. A nord ci sono le conifere (l’abete rosso e l’abete balsamico, che crescono alle quote più alte e distinguono i boschi del Canada e del Maine) e le latifoglie del nord (acero da zucchero, buckeye, faggio, frassino, betulla e quercia rossa e bianca). Più a sud ci sono l’hickory, il pioppo, il noce, il sicomoro e un tempo le importanti e – prima che fossero distrutte dalla peronospora – abbondanti castagne. Tutti questi, più altre delle 140 specie di alberi dell’Appalachia, si trovano nella regione montuosa meridionale. Le altezze elevate nutrono i rappresentanti della foresta canadese, mentre le pendici occidentali dei Great Smokies, con le loro abbondanti precipitazioni, producono alberi che hanno raggiunto altezze e diametri massimi da record. Tra questi ci sono l’albero del tulipano (pioppo giallo), il buckeye, l’hemlock orientale (canadese) e la quercia di castagno.
Il sistema interdipendente di crescita delle piante del sud conosciuto come “foresta appalachiana” è molto complesso. Forma una delle grandi province floreali della Terra. Ci sono gli alberi che portano una fioritura rigogliosa, come il serviceberry, il redbud, il biancospino, il tulipano, il corniolo, la robinia, il sourwood e molti altri. Tra i numerosi arbusti con fiori particolarmente vistosi ci sono il rododendro, l’azalea e l’alloro di montagna. Alcune cime degli Appalachi meridionali sono chiamate lande: prati aperti o praterie intervallate da fitte crescite di brughiera. La Roan Mountain nel North Carolina-Tennessee Unakas è uno dei più estesi di questi, con circa 1.200 acri di giardini naturali che spargono rose vivaci e rododendri rosa e viola attraverso il suo alto pinnacolo e lungo i suoi pendii. Si stima che, di circa 2.000 specie di flora appalachiana, forse 200 sono native e completamente confinate agli Appalachi meridionali. Anche felci, muschi e funghi di molte specie fanno parte della complessa vita vegetale degli Appalachi.
Bisonti, alci e lupi, un tempo comuni sugli Appalachi, sono scomparsi molto tempo fa, anche se gli alci sono successivamente tornati sulle montagne del nord; caribù e alci si trovano ancora negli angoli più settentrionali della regione. Sparsi in altre aree ci sono l’orso nero, il cervo dalla coda bianca, il cinghiale, la volpe, il procione, il castoro e numerosi altri piccoli animali. Tutte le zone dell’Appalachia, dalla penisola di Gaspé alla Georgia, ospitano un’abbondante fauna avicola. Solo nelle Great Smoky Mountains sono state registrate circa 200 varietà di uccelli selvatici e canori.