Kontext
V roce 49 př. n. l. se Caesarovy vztahy s římským senátem nebezpečně zhoršily. Poté, co nedávno dobyl a zpacifikoval galské kmeny, pobýval v Cisalpinské Galii, když obdržel od senátu rozkaz, aby se vzdal velení svých 10 veteránských legií. Již v roce 51 př. n. l. poslal na žádost senátu dvě legie do Říma, pravděpodobně na parthské tažení, v němž nebyly nikdy použity. Nechtěl se vzdát zbytku svých legií, z nichž devět zimovalo v Galii. Caesar chápal, že by jeho politická kariéra zanikla, kdyby se podřídil požadavku senátu, ale věděl také, že vzepřít se mu bude válečným aktem. Rozhodl se, že válka je pro něj výhodná. Ve dnech 10.-11. ledna 49 př. n. l. se Caesar vydal s Legiem XIII Gemina přes řeku Rubikon do vlastní Itálie.
Senát si byl jistý, že města podél Caesarova pochodu na jih se spojí na obranu republiky, ale tento předpoklad se rychle ukázal jako mylný. Pompeius byl v té době jediným konzulem, a přestože byl kdysi Caesarovým souputníkem v triumvirátu, byl nyní pevným obhájcem senátu a republiky. Senát měl v Itálii pouze dvě legie – dvě, které vyslal Caesar – a slábnoucí podpora na severu komplikovala jeho schopnost povolat nové vojsko. Pompeius vyzval své kolegy senátory, aby vyklidili Řím a stáhli se s armádou do Brundisia (dnešní Brindisi), které se nacházelo na úpatí Apeninského poloostrova. Když tedy Caesar dorazil do Říma, město mu otevřelo své brány. Do března byl posílen čtyřmi galskými legiemi a postoupil k Brundisiu, ale až poté, co Pompeius a senát opustili Itálii, aby se přeskupili v Epiru.
Když měl nyní v rukou celý Apeninský poloostrov, Caesar zpozoroval, že zatímco Pompeiova malá armáda je na druhé straně Jaderského moře, sedm loajálních legií je stále umístěno v Hispánii, i když bez generála. Rozhodl se nejprve zlikvidovat větší armádu, než se stihne zorganizovat. V dubnu se nakrátko vrátil do Říma, kde omilostnil své politické odpůrce, ustavil nový senát a shromáždil nejméně 14 legií. Poté zanechal v Itálii početnou posádku a před přechodem do Hispánie se Caesar znovu spojil s částí svých galských sil v jižní Galii. V srpnu rozdrtil loajalisty u Ilerdy a následující měsíc přinutil ke kapitulaci dvě legie v Córdobě. Když se v říjnu vrátil do Říma, senát Caesara prohlásil za diktátora a udělil mu nejvyšší moc a rozsáhlé mimořádné pravomoci.
Pompeius a loajální senátoři shromáždili během sedmi měsíců po svém útěku do Epiru mohutnou armádu. Hojné východní provincie a klientská království zvýšily bojovou sílu senátu na devět pozemních legií a flotilu o 300 lodích, která ovládala moře. Po přezimování v Dyrrhachiu hodlal Pompeius vtrhnout do Itálie a zachránit republiku před despotismem, jak to před více než 30 lety učinil jeho mentor Sulla. Caesar doufal, že tento plán zhatí hned v zárodku. Senát očekával, že Caesar překročí Jadran na jaře roku 48 př. n. l., kdy bude teplejší počasí a silnější vítr. Byli překvapeni, když ho v lednu našli na pobřeží Epiru se sedmi veteránskými legiemi. Čtyřem legiím, kterým velel Markus Antonius, zabránila v přechodu silná flotila loajalistů a byly nuceny přezimovat v Brundisiu. Tento neúspěch však Caesara nezastavil. Prošel krajem a cestou k Dyrrhachiu se zmocnil Apollonie a Oricka. Tam vybudoval kolem města opevnění a šest měsíců ho blokoval, během nichž se Antoniovi podařilo dostat k Caesarovi se čtyřmi legiemi z Brundisia. Pompeius blokádu prolomil, ale Caesarovu armádu se mu rozdrtit nepodařilo.
Byl právě srpen. Caesar se svými legiemi se stále ještě nezastavil a v noci se vytratil ze svého tábora. Poté se vydali na východ. Pompeius je pronásledoval, pravděpodobně pod nátlakem; jeho kolegové senátoři byli stále znepokojenější a požadovali rychlé ukončení již více než rok a půl trvající občanské války. Caesar se rozhodl přejít pohoří Pindus a vstoupit do provincie Makedonie, kde našel úrodné údolí, aby nasytil své vojáky, zatímco čekal na své nepřátele. O tom, kde přesně Pompeius v tomto údolí utábořil své legie – a jak se tedy jmenovala následná bitva -, se mezi učenci vedou vášnivé diskuse, které komplikují jak rozpory mezi antickými zprávami, tak moderní archeologické důkazy. Starší teorie tvrdí, že se utábořil jihovýchodně od řeky Enipeus na svahu přiléhajícím k městu Pharsalus (dnešní Fársala), od něhož je odvozen tradiční název bitvy. Podle novější teorie, která má stále větší podporu, se utábořil severně od řeky na svahu vedle města Palaepharsalus („starý Pharsalus“, možná dnešní Kríni), v tom případě by se bitva správně nazývala bitva u Palaepharsalu. Nicméně učenci obou stran se shodují, že Pompeius umístil své legie na svahu vzdáleném několik mil od Caesarova tábora v údolí a že Enipeus byl určujícím přírodním orientačním bodem.