Kondemnering af Seneca-jordRediger
Bygningen af dæmningen fordømte 10.000 acres (4.000 ha) af Allegany-reservatet, næsten en tredjedel af dets territorium, som var blevet tildelt Seneca-nationen i Canandaigua-traktaten, der blev underskrevet af præsident Washington. Det resulterede i tab af betydelige frugtbare landbrugsarealer og i, at 600 Seneca blev fordrevet og tvangsforflyttet fra deres samfund i reservatet. I 1961 afviste præsident John F. Kennedy med henvisning til det umiddelbare behov for oversvømmelseskontrol en anmodning fra Senecaerne om at standse byggeriet.
Følgende på flytningen skete der store ændringer i de fordrevne personers levevis. Indtil midten af det 20. århundrede havde mange medlemmer af Seneca-stammen, især dem i flodsletterne, levet simpelt på traditionel vis uden moderne bekvemmeligheder som f.eks. elektricitet. Der blev bygget to genbosætningsområder, Jimersontown og et område syd for Steamburg, som begge omfattede moderne faciliteter. Den tvungne modernisering er en kilde til den stadig ulmende vrede, som Seneca’erne har over for dæmningen.
Dertil kommer, at Seneca’erne tabte en appel i 1964 over den dermed forbundne flytning af en firesporet motorvej gennem den resterende del af Allegany-reservatet. Det fik dem til at miste mere land til den motorvej, som deler reservatets område. (Reservatet fik lov til at genindvinde jord omkring den gamle motorvej, som motorvejen erstattede).
I Pennsylvania fordømte regeringen også det meste af det historiske Cornplanter Tract, en bevilling fra statens lovgivende forsamling til Cornplanter efter revolutionskrigen til ham og hans arvinger “for evigt”. Området omfattede en historisk kirkegård med Cornplanters og 300 efterkommere og tilhængere samt et statsligt mindesmærke, der blev rejst i 1866. Senecaerne kaldte kirkegården deres “Arlington” med henvisning til den nationale kirkegård nær Washington, DC.
Staten opgravede og genbegravede Senecas jordiske rester på en ny kirkegård, der ligger vest for byen Bradford i det nordlige centrale Pennsylvania, omkring 100 meter fra statsgrænsen til New York. “Kirkegården indeholder også jordiske rester af hvide indbyggere fra Corydon, en by, der blev oversvømmet af reservoiret. I 2009 sagde Seneca-observatører og hvide imidlertid, at der var erosion af den bluff, hvor kirkegården lå. De bønfaldt staten eller ingeniørkorpset om at beskytte dette område. Andre jordiske rester blev genbegravet på en kirkegård i Steamburg.
Cornplanters sidste direkte arving og tip-oldebarn, Jesse Cornplanter, en kunstner, var død uden børn i 1957. I 1960’erne var Cornplanters indirekte efterkommere allerede flyttet til Salamanca, New York, nær den nordlige bred af det nye Allegheny-reservoir.
Kondemnering af Corydon, Kinzua, Quaker Bridge og Red HouseRediger
Byggeriet af dæmningen og fyldningen af Allegheny-reservoiret krævede kondemnering af flere byer og samfund i reservoirets flodslette. To townships, Kinzua i Pennsylvania og Elko (Quaker Bridge) i New York, opløste deres inkorporeringer, mens Warren County-delen af Corydon ligeledes blev indlemmet. Andre, såsom McKean County-delen af Corydon i Pennsylvania og Onoville i New York, beholdt deres forvaltning, men mistede en stor del af deres befolkning, da kernen af deres samfund blev oversvømmet. Alle beboere blev tvunget ud ved regeringens brug af eminent domain og måtte flytte.
Red House, New York, blev også indirekte påvirket af ændringerne. Selv om byen ikke blev direkte oversvømmet, oversvømmede dæmningens første stresstest i 1967 New York State Route 17 vest for Red House, og det blev nødvendigt at anlægge en ny motorvej, Southern Tier Expressway, og det blev nødvendigt at bygge en ny motorvej, Southern Tier Expressway. Motorvejens vej blev ført næsten direkte gennem Red Houses befolkningscentrum, hvilket sammen med dæmningen og udvidelsen af Allegany State Park fik staten og Army Corps of Engineers til at tvangsinddrage det meste af byen. Nogle af byens indbyggere købte parceller i det, der dengang var landsbyen Baystate, som lå i byen en mil syd for motorvejen, og det lykkedes dem at modvirke bestræbelserne på at tvangsopløse byen, da Allegany State Park foreslog at udvide den igen i 1973. Red House (38 indbyggere i 2010) har bevaret sin inkorporering, og nogle få tilbageværende familier holder stadig fast i deres ejendomme. Som forberedelse til rydningen blev postkontorerne Onoville, Quaker Bridge og Red House lukket i sommeren 1964, og som følge heraf blev postnumrene for disse byer aldrig officielt anvendt.
For delvist at kompensere for tabet af lokalsamfundene afsatte regeringen 305 acres jord til genbosætning af Senecaer opstrøms i to lokalsamfund i New York: Steamburg (160 grunde på 1 acre land beliggende syd for den eksisterende landsby af samme navn) og Jimerson Town (145 grunde på 1 acre land beliggende vest for byen Salamanca, nær det dengang eksisterende samfund Shongo). Jimerson Town er blevet udpeget som en af de to hovedstæder i Seneca Nation.
Damprojektet tvang også til at flytte Camp Olmsted, der var ejet af Chief Cornplanter Council of the Boy Scouts of America. Lejrpladsen havde været placeret på et bundområde langs Allegheny-floden, men dæmningsbyggeriet tvang den til at blive flyttet op ad bakkeskråningen.