I det XVI århundrede bestilte grev Muzio Tuttavilla indvindingsarbejder i Sarno floddalen med det formål at grave en kanal. Under udgravningerne fandt arkitekten Fontana nogle bygninger med dekorerede vægge i det område, der er kendt som “Collina della Civita”. Dette fund blev dokumenteret og efterladt der, og arbejdet med kanalen fortsatte. Udgravningerne i Pompeji begyndte igen i 1748 under Karl af Bourbon, mens de udgravninger, der allerede var i gang i Herculaneum, varslede opsigtsvækkende opdagelser. Udgravningerne i Pompeji var en monumental indsats, hvor ressourcerne blev brugt til det største udgravningsarbejde, der nogensinde er blevet udført. Med nogle få korte afbrydelser er arbejdet fortsat indtil i dag. Da Herculaneum var dækket af et mudderskred, gik udgravningsarbejdet bedre i Pompeji, fordi det var meget vanskeligere at fjerne det hærdede tæppe af størknet mudder end at grave Pompeji ud af lagene af aske og lapilli-sten.
Interessen for forskningen i Pompeji fik ny kraft, da mange af bygningerne omkring Forum og nogle af de prestigefyldte huse blev fundet mellem 1806 og 1832.
I 1860 blev Giuseppe Fiorelli udnævnt til direktør for det arkæologiske område i Pompeji, og han introducerede for første gang en metodologi, der kombinerede opdagelse med begrebet konservering. Denne teknik blev anvendt på alle de igangværende udgravninger, som fra da af ikke længere var entydigt inspireret af det eneste ønske om at finde værdifulde genstande og vigtige bygninger.
For første gang førte ønsket om at bringe en af historiens største byer tilbage til livet til rationelle og velplanlagte udgravninger fra hus til hus. Der blev indført en graveteknik, hvor udgravningerne begyndte i tagniveau og bevægede sig ned mod gulvet lag for lag, for at forhindre, at bygningerne faldt sammen udad på de tidligere udgravede veje.
Et vigtigt forskningsforløb fulgte mellem 1875 og 1893 under ledelse af arkitekten Michele Ruggiero. Der blev afdækket mange insulae samt adskillige huse i de områder, der er kendt som “REGIO V”, “REGIO VIII” og “REGIO IX”, men vigtigere er det, at man begyndte at restaurere de over fem hundrede freskomalerier, der blev fundet på husenes vægge.
Arbejdet gennemgik en delikat fase under ledelse af Vittorio Spinazzola, og udgravningerne, der blev udført mellem 1910 og 1924, fokuserede på de sydlige områder af byen. Formålet var at udgrave hele strækningen af hovedvejen, Via dell’Abbondanza, og bringe facaderne på bygningerne langs vejen, der forbinder amfiteateret med Forum, frem i lyset. Dette skabte problemer med at inddæmme bygningernes facader, da de nu var under pres fra de store mængder aske inde i dem.
Dertil kommer, at forskerne hele tiden fandt interessante genstande, hvilket betød, at de til tider begyndte at grave i insulerne af ren og skær nysgerrighed for derefter at opgive dem. Således finder vi i dag flere huse, som kun er blevet delvist udgravet. Så kom arkæologen Amedeo Maiuri, som var ansvarlig for opdagelsen af mange genstande mellem 1924 og 1961, og som frem for alt var forfatter til mange undersøgelser og grundlæggende fortolkninger. Det er takket være ham, at der er blevet skrevet mange vigtige kapitler i den store arkæologiske bog, som vi kalder Pompeji.
Giuseppe Spano, en person fra den akademiske verden, der arbejdede som leder af de arkæologiske udgravninger under Maiuris tilsyn, var forfatter til mange værker, der har bidraget til at forstå historien om bebyggelserne omkring Vesuv.
Den moderne periode har ikke kun været præget af nye opdagelser, men også af alvorlige problemer med hensyn til bevarelsen af det, der blev fundet i fortiden (uanset nationaløkonomiens tilstand har den italienske stat vist stor modvilje mod at bruge offentlige midler i denne sektor ), og af behovet for at åbne nye kapitler i Pompeji’s historie som led i en tværfaglig tilgang.