Real-time quantitative polymerase-chain-reaction (qPCR) er en standardteknik i de fleste laboratorier, der anvendes til forskellige anvendelser inden for grundforskning. Analyse af qPCR-data er en afgørende del af hele forsøget, hvilket har ført til udvikling af et væld af metoder. De frigivne værktøjer dækker enten specifikke dele af arbejdsgangen eller leverer komplette analyseløsninger.

Her undersøgte vi 27 frit tilgængelige softwarepakker og værktøjer til analyse af qPCR-data. Undersøgelsen omfatter 8 Microsoft Windows-værktøjer, 5 webbaserede værktøjer, 9 R-baserede værktøjer og 5 værktøjer fra andre platforme. De gennemgåede pakker og værktøjer understøtter analysen af forskellige qPCR-applikationer, såsom RNA-kvantificering, DNA-methylering, genotyping, identifikation af variationer i antallet af kopier og digital PCR. Vi giver en oversigt over de enkelte softwareværktøjers funktionalitet, egenskaber og specifikke krav, f.eks. dataudvekslingsformater, tilgængelighed af en grafisk brugergrænseflade, inkluderede procedurer for grafisk datapræsentation og tilbudte statistiske metoder. Desuden giver vi et overblik over kvantificeringsstrategier og rapporterer forskellige anvendelser af qPCR.

Vores omfattende undersøgelse viste, at de fleste værktøjer anvender deres eget filformat, og kun en brøkdel af de i øjeblikket eksisterende værktøjer understøtter det standardiserede dataudvekslingsformat RDML. For at muliggøre en mere strømlinet og sammenlignelig analyse af qPCR-data skal flere leverandører og værktøjer tilpasse det standardiserede format for at tilskynde til udveksling af data mellem instrument-software, analyseværktøjer og forskere.

Skriv et svar

Din e-mailadresse vil ikke blive publiceret.