La reacción cuantitativa en cadena de la polimerasa (qPCR) en tiempo real es una técnica estándar en la mayoría de los laboratorios utilizada para diversas aplicaciones en la investigación básica. El análisis de los datos de la qPCR es una parte crucial de todo el experimento, lo que ha llevado al desarrollo de una plétora de métodos. Las herramientas publicadas cubren partes específicas del flujo de trabajo o proporcionan soluciones de análisis completas.
Aquí, estudiamos 27 paquetes de software de acceso abierto y herramientas para el análisis de datos de qPCR. La encuesta incluye 8 paquetes de Microsoft Windows, 5 basados en la web, 9 basados en R y 5 herramientas de otras plataformas. Los paquetes y herramientas revisados soportan el análisis de diferentes aplicaciones de qPCR, como la cuantificación del ARN, la metilación del ADN, el genotipado, la identificación de variaciones en el número de copias y la PCR digital. Presentamos una visión general de la funcionalidad, las características y los requisitos específicos de las herramientas de software individuales, como los formatos de intercambio de datos, la disponibilidad de una interfaz gráfica de usuario, los procedimientos incluidos para la presentación gráfica de los datos y los métodos estadísticos ofrecidos. Además, proporcionamos una visión general sobre las estrategias de cuantificación e informamos sobre varias aplicaciones de la qPCR.
Nuestra encuesta exhaustiva mostró que la mayoría de las herramientas utilizan su propio formato de archivo y sólo una fracción de las herramientas actualmente existentes soporta el formato de intercambio de datos estandarizado RDML. Para permitir un análisis más racionalizado y comparable de los datos de qPCR, es necesario que más proveedores y herramientas adapten el formato estandarizado para fomentar el intercambio de datos entre el software de los instrumentos, las herramientas de análisis y los investigadores.