El nombre de pila de Pachacuti era Cusi Yupanqui y no debía suceder a su padre Inca Viracocha, que había nombrado príncipe heredero a su hermano Urco. Sin embargo, en medio de una invasión del Cusco por parte de los chankas, tradicionales archienemigos tribales de los incas, Pachacuti tuvo una oportunidad real de demostrar su talento. Mientras su padre y su hermano huían del lugar, Pachacuti reunió al ejército y se preparó para una defensa desesperada de su patria. En la batalla resultante, los chankas fueron derrotados tan severamente que la leyenda cuenta que hasta las piedras se levantaron para luchar del lado de Pachacuti. Tras la batalla, Pachacuti pasó a ser conocido como «El Agitador de la Tierra» y se ganó el apoyo de su pueblo. Pachacuti capturó a muchos líderes chanka, que Pachacuti presentó a su padre Viracocha para que limpiara sus pies en sus cuerpos, un ritual de victoria tradicional. Viracocha le dijo a Pachacuti que el honor del ritual pertenecía al siguiente Inca: Urco. Pachacuti protestó y dijo que no había conseguido la victoria para que sus hermanos pisaran a los cautivos de Chanka. Se produjo una acalorada discusión y, posteriormente, Viracocha intentó que Pachacuti fuera asesinado. Sin embargo, Pachacuti fue avisado del complot y éste fracasó. Viracocha se exilió, mientras que Pachacuti regresó triunfante a Cusco, y se rebautizó como «Pachacuti» (que significa «Agitador de la Tierra»).
Pachacuti reconstruyó gran parte de Cusco, diseñándola para que sirviera a las necesidades de una ciudad imperial y como representación del imperio. Cada suyu tenía un sector de la ciudad, centrado en el camino que conducía a esa provincia; los nobles y los inmigrantes vivían en el sector correspondiente a su origen. Cada sector se dividía a su vez en zonas para los hanan (superiores) y los hurin (inferiores). Muchos de los monumentos más renombrados de los alrededores de Cusco, como el gran templo del sol Qurikancha, fueron reconstruidos durante el reinado de Pachacuti.:66-69, 75
A pesar de su talento político y militar, Pachacuti no mejoró el sistema de sucesión. Su hijo se convirtió en el siguiente inca sin ninguna disputa conocida después de que Pachacuti muriera en 1471 debido a una enfermedad terminal, pero en las generaciones futuras, el siguiente inca tenía que conseguir el control del imperio ganando el suficiente apoyo de los apos, el sacerdocio y el ejército para ganar una guerra civil o intimidar a cualquier otro que intentara hacerse con el control del imperio.
También se atribuye a Pachacuti el haber desplazado a cientos de miles de personas en programas masivos de reubicación y reasentamiento para colonizar los bordes más remotos de su imperio. Estos colonos forzados eran llamados mitimaes y representaban el lugar más bajo de la jerarquía social incaica. El gobierno imperial incaico era muy autoritario y represivo.:70, 72-74, 76-85
Envió a su hijo Túpac Inca Yupanqui un ejército para que repitiera sus conquistas y extendiera su reino hasta Quito. Pachacuti construyó entonces canales de riego, terrazas de cultivo, hizo caminos y hospederías. El Camino del Inca se extendía desde Quito hasta Chile.:89, 91-92
Pachacuti fue un poeta y el autor de los Himnos Sagrados de la ceremonia de purificación de la ciudad de Situa. Pedro Sarmiento de Gamboa atribuyó una canción a Pachacuti en su lecho de muerte::95 «Nací como un lirio en el jardín, y como el lirio crecí, al avanzar mi edad / me volví viejo y tuve que morir, y así me marchité y morí»
.