La resistencia armada organizada fue la forma más contundente de oposición judía a las políticas nazis en la Europa ocupada por los alemanes. Los civiles judíos ofrecieron resistencia armada en más de 100 guetos de la Polonia ocupada y la Unión Soviética.
En abril-mayo de 1943, los judíos del gueto de Varsovia se levantaron en una revuelta armada tras los rumores de que los alemanes deportarían a los habitantes restantes del gueto al centro de exterminio de Treblinka. Cuando las SS y las unidades de policía alemanas entraron en el gueto, los miembros de la Organización Judía de Lucha (Zydowska Organizacja Bojowa; ZOB) y otros grupos judíos atacaron los tanques alemanes con cócteles molotov, granadas de mano y un puñado de armas pequeñas. Aunque los alemanes, sorprendidos por la ferocidad de la resistencia, pudieron poner fin a los principales combates en pocos días, las fuerzas alemanas, muy superiores, tardaron casi un mes en poder pacificar completamente el gueto y deportar a casi todos los habitantes restantes. Durante los meses posteriores al final del levantamiento del gueto de Varsovia, los judíos que se resistían continuaron escondiéndose en las ruinas del gueto, que las unidades de las SS y la policía patrullaban para evitar ataques al personal alemán.
Durante el mismo año, los habitantes del gueto se levantaron contra los alemanes en Vilna (Vilnius), Bialystok y otros guetos. Muchos combatientes del gueto tomaron las armas sabiendo que la mayoría de los habitantes del gueto ya habían sido deportados a los centros de exterminio; y también sabiendo que su resistencia, incluso ahora, no podía salvar de la destrucción a los judíos restantes que no podían luchar. Pero lucharon por el honor judío y para vengar la matanza de tantos judíos.
Miles de jóvenes judíos resistieron escapando de los guetos a los bosques. Allí se unieron a unidades partisanas soviéticas o formaron unidades partisanas separadas para acosar a los ocupantes alemanes.
Aunque muchos miembros del consejo judío (Judenrat) cooperaron bajo coacción con los alemanes hasta que ellos mismos fueron deportados, algunos, como el presidente del consejo judío Moshe Jaffe en Minsk, se resistieron negándose a cumplir cuando los alemanes le ordenaron entregar a los judíos para su deportación en julio de 1942.
Los prisioneros judíos se levantaron contra sus guardias en tres centros de exterminio. En Treblinka, en agosto de 1943, y en Sobibor, en octubre de 1943, los prisioneros armados con armas robadas atacaron al personal de las SS y a los guardias auxiliares entrenados en Trawniki. Los alemanes y sus auxiliares mataron a la mayoría de los rebeldes, ya sea durante el levantamiento o más tarde, después de dar caza a los que escaparon. Sin embargo, varias docenas de prisioneros eludieron a sus perseguidores y sobrevivieron a la guerra. En octubre de 1944, en Auschwitz-Birkenau, los miembros del Destacamento Especial Judío (Sonderkommando) se amotinaron contra los guardias de las SS. Cerca de 250 murieron durante la lucha; los guardias de las SS fusilaron a otros 200 después de reprimir el motín. Varios días después, las SS identificaron a cinco mujeres, cuatro de ellas judías, que habían participado en el suministro de explosivos a los miembros del Sonderkommando para volar un crematorio. Las cinco mujeres fueron asesinadas.
En muchos países ocupados por los alemanes o aliados con ellos, la resistencia judía tomó a menudo la forma de ayuda y rescate. Las autoridades judías de Palestina enviaron paracaidistas clandestinos, como Hannah Szenes, a Hungría y Eslovaquia en 1944 para prestar toda la ayuda posible a los judíos escondidos. En Francia, varios elementos de la clandestinidad judía se consolidaron para formar diferentes grupos de resistencia, incluido el Armée Juive (Ejército Judío) que operaba en el sur de Francia. Muchos judíos lucharon como miembros de movimientos de resistencia nacional en Bélgica, Francia, Italia, Polonia, Yugoslavia, Grecia y Eslovaquia.
Los judíos de los guetos y campos también respondieron a la opresión nazi con diversas formas de resistencia espiritual. Hicieron intentos conscientes de preservar la historia y la vida comunitaria del pueblo judío a pesar de los esfuerzos nazis por erradicar a los judíos de la memoria humana. Estos esfuerzos incluyeron: la creación de instituciones culturales judías, la continuación de la observancia de las fiestas y rituales religiosos, la educación clandestina, la publicación de periódicos clandestinos y la recopilación y ocultación de documentación, como en el caso del archivo Oneg Shabbat de Varsovia, que contaría la historia de los judíos del gueto de Varsovia, a pesar de su destrucción en 1943.