En el siglo XVI el conde Muzio Tuttavilla encargó obras de recuperación en el valle del río Sarno con el objetivo de excavar un canal. Durante las excavaciones, el arquitecto Fontana encontró algunos edificios con paredes decoradas en la zona conocida como ‘Collina della Civita’. Este hallazgo se documentó y se dejó así, y las obras del canal continuaron. Las excavaciones en Pompeya se reanudaron en 1748 bajo el reinado de Carlos de Borbón, mientras que las excavaciones ya iniciadas en Herculano anunciaban descubrimientos sensacionales. Las excavaciones de Pompeya fueron un esfuerzo monumental, con recursos canalizados hacia el mayor trabajo de excavación jamás realizado. Con algunas breves interrupciones, ha continuado hasta nuestros días. Como Herculano estaba cubierto por un deslizamiento de lodo, los trabajos de excavación avanzaron mejor en Pompeya porque era mucho más difícil quitar el manto endurecido de lodo solidificado que desenterrar Pompeya de las capas de ceniza y piedras de lapilli.
El interés por la investigación en Pompeya cobró un nuevo vigor cuando entre 1806 y 1832 se encontraron muchos de los edificios de los alrededores del Foro y algunas de las casas de prestigio.
En 1860 Giuseppe Fiorelli fue nombrado director del yacimiento arqueológico de Pompeya e introdujo por primera vez una metodología que combinaba el descubrimiento con el concepto de conservación. Esta técnica se aplicó a todas las excavaciones en curso, que a partir de entonces dejaron de estar inspiradas únicamente por el deseo de encontrar objetos preciosos y edificios importantes.
Por primera vez, el deseo de devolver a la vida a una de las mayores ciudades de la historia llevó a realizar excavaciones racionales y bien planificadas casa por casa. Se introdujo una técnica de excavación, según la cual las excavaciones comenzaban en el nivel del tejado y bajaban hacia el suelo capa por capa, para evitar que los edificios se derrumbaran hacia las calles previamente excavadas.
Entre 1875 y 1893 siguió una importante fase de investigación bajo la dirección del arquitecto Michele Ruggiero. Se descubrieron muchas insulae y numerosas casas en las zonas denominadas «REGIO V», «REGIO VIII» y «REGIO IX» pero, sobre todo, se iniciaron los trabajos de restauración de más de quinientas pinturas al fresco encontradas en las paredes de las casas.
Los trabajos pasaron por una fase delicada bajo la dirección de Vittorio Spinazzola y las excavaciones realizadas entre 1910 y 1924 se centraron en las zonas del sur de la ciudad. El objetivo era desenterrar todo el tramo de la vía principal, la Via dell’Abbondanza, sacando a la luz las fachadas de los edificios situados a lo largo de la vía y que unían el Anfiteatro con el Foro. Esto provocó problemas de contención de las fachadas de los edificios, ya que ahora estaban sometidas a la presión de las grandes cantidades de ceniza que había en su interior.
Además, el hecho de que los investigadores encontraran continuamente elementos interesantes hizo que en ocasiones comenzaran a excavar en las ínsulas por pura curiosidad y luego las abandonaran. Así, hoy encontramos varias casas que han sido excavadas sólo parcialmente. Luego llegó el arqueólogo Amedeo Maiuri, responsable del descubrimiento de muchos objetos entre 1924 y 1961 y, sobre todo, autor de numerosos estudios e interpretaciones fundamentales. Gracias a él se han escrito muchos capítulos importantes en el gran libro de arqueología que llamamos Pompeya.
Giuseppe Spano, una figura del mundo académico que trabajó como director de las excavaciones arqueológicas durante la superintendencia de Maiuri, fue el autor de muchos trabajos que han ayudado a comprender la historia de los asentamientos alrededor del monte Vesubio.
La época contemporánea se ha caracterizado no sólo por los nuevos descubrimientos, sino también por los graves problemas de conservación de lo hallado en el pasado (independientemente de la situación de la economía nacional, el Estado italiano se ha mostrado muy reacio a gastar dinero público en este sector), y por la necesidad de abrir nuevos capítulos de la historia de Pompeya en el marco de un enfoque interdisciplinar.