La réaction en chaîne par polymérase quantitative en temps réel (qPCR) est une technique standard dans la plupart des laboratoires utilisée pour diverses applications en recherche fondamentale. L’analyse des données qPCR est une partie cruciale de l’ensemble de l’expérience, ce qui a conduit au développement d’une pléthore de méthodes. Les outils publiés couvrent des parties spécifiques du flux de travail ou fournissent des solutions d’analyse complètes.
Nous avons recensé ici 27 progiciels et outils en accès libre pour l’analyse des données qPCR. L’enquête comprend 8 Microsoft Windows, 5 basés sur le Web, 9 basés sur R et 5 outils d’autres plateformes. Les progiciels et outils examinés permettent l’analyse de différentes applications de la qPCR, telles que la quantification de l’ARN, la méthylation de l’ADN, le génotypage, l’identification des variations du nombre de copies et la PCR numérique. Nous donnons un aperçu de la fonctionnalité, des caractéristiques et des exigences spécifiques des différents outils logiciels, tels que les formats d’échange de données, la disponibilité d’une interface utilisateur graphique, les procédures incluses pour la présentation graphique des données et les méthodes statistiques proposées. En outre, nous donnons un aperçu des stratégies de quantification et signalons diverses applications de la qPCR.
Notre enquête exhaustive a montré que la plupart des outils utilisent leur propre format de fichier et que seule une fraction des outils actuellement existants prend en charge le format d’échange de données normalisé RDML. Pour permettre une analyse plus rationalisée et comparable des données de qPCR, davantage de fournisseurs et d’outils doivent adapter le format normalisé afin d’encourager l’échange de données entre les logiciels d’instrumentation, les outils d’analyse et les chercheurs.