Le séquençage peut identifier les mutations liées à l’autisme avant même la naissance de l’enfant – en particulier dans les cas où les médecins soupçonnent des problèmes, selon deux nouvelles études.
Dans ces études, les scientifiques ont séquencé l’ADN fœtal uniquement lorsque des échographies révélaient un développement atypique des membres ou d’autres organes, et ils n’ont donné aux familles que les résultats qui semblaient expliquer ces problèmes
Mais il existe un risque réel que d’autres personnes utilisent cette technique pour tester des mutations chez n’importe quel fœtus – et pour relayer tous les résultats aux parents – sans surveillance appropriée, dit Ronald Wapner, professeur d’obstétrique et de gynécologie à l’Institut de médecine génomique de Columbia, qui a dirigé l’une des études.
« Ce n’est pas tout le monde qui devrait faire cela ; cela devrait être entre les mains de personnes qui ont de l’expertise », dit-il.
D’autres types d’analyses détectent déjà des mutations dans un fœtus : Certaines détectent les grands segments d’ADN qui sont échangés entre les chromosomes, et d’autres peuvent repérer les copies manquantes ou dupliquées de fragments d’ADN.
Les nouvelles études sont parmi les premières à scanner les mutations à travers l’exome du fœtus – essentiellement, la collection de gènes dans un génome.
Le domaine est chargé de questions éthiques, y compris si les parents pourraient choisir d’interrompre une grossesse en fonction des résultats. Mais les chercheurs notent que la plupart des mutations qu’ils ont trouvées présentent des risques graves pour la santé, qui pourraient être traités à la naissance ou in utero.
« Je pense que beaucoup de gens ont l’idée fausse que ces tests sont effectués pour décider d’interrompre ou non une grossesse », déclare Christa Lese Martin, directrice de l’Institut de médecine de l’autisme et du développement à Geisinger à Lewisburg, en Pennsylvanie, qui n’a pas participé aux études. « Pour moi, il s’agit de donner des informations aux familles et aux médecins afin qu’ils puissent planifier toute la grossesse, la naissance, et identifier au mieux les besoins de la famille et du bébé. »
Résultat significatif:
L’équipe de Wapner a étudié 234 fœtus présentant des anomalies détectables à l’échographie, comme des membres raccourcis, un excès de liquide cérébral ou un rein difforme. Les tests génétiques standard n’avaient offert aucune explication aux résultats de l’échographie.
Dans la plupart des cas, les chercheurs ont séquencé les exomes fœtaux à partir de cellules du liquide amniotique, du sang du cordon ombilical ou du placenta ; dans d’autres cas, ils ont recueilli de l’ADN après la naissance. Dans 24 cas, ils ont trouvé une mutation qui expliquait l’anomalie échographique.
Dans la deuxième étude, les chercheurs ont recruté 610 femmes enceintes dans 34 cliniques du Royaume-Uni. Ils ont séquencé 1 628 gènes associés à un retard de développement et ont mis en évidence des mutations liées à des anomalies échographiques chez 52 fœtus. Ils n’ont communiqué ces résultats aux parents qu’après la naissance.
Ensemble, les deux études, qui ont toutes deux été publiées en février dans TheLancet, ont identifié des mutations chez 15 fœtus dans l’un des neuf gènes de l’autisme, dont TSC2, ANKRD11 et SCN2A. Ils ont également mis en évidence de nouveaux liens entre ces gènes et des problèmes anatomiques. Par exemple, l’équipe de Wapner a trouvé une mutation nocive connue dans SCN2A chez un fœtus qui présentait un excès de liquide cérébral, un lien signalé une fois auparavant.
Les deux études ont porté sur toutes les femmes qui ont fréquenté une clinique au cours d’une période définie. Ensemble, elles impliquent que le séquençage peut identifier une cause génétique pour les anomalies échographiques dans environ 10 % des cas.
Les résultats suggèrent que le séquençage prénatal devrait être utilisé dans la clinique, dit Michael Talkowski, professeur associé de neurologie à l’Université Harvard, qui n’a pas été impliqué dans les études. Les études précédentes sur le séquençage prénatal étaient « aléatoires et n’étaient pas réalisées de manière cohérente », dit-il, alors que les nouvelles études fournissent une référence plus fiable. Talkowski travaille sur le séquençage de l’ensemble du génome du fœtus, ce qui pourrait fournir de meilleurs résultats, mais ce travail est préliminaire.
L’ADN flottant:
L’extraction de cellules fœtales comporte un léger risque de fausse couche. Une troisième étude décrit une approche moins invasive – le séquençage de l’ADN fœtal flottant dans le sang de la mère.
En utilisant cet ADN « sans cellules », les chercheurs ont séquencé 30 gènes associés à des conditions graves telles que le syndrome de Noonan, qui est lié à l’autisme ; 14 des gènes ont des liens avec l’autisme. Certains problèmes associés à ces conditions, comme les malformations cardiaques, peuvent être traités avant ou juste après la naissance.
Les chercheurs ont identifié une mutation chez 32 des 422 fœtus ; six de ces mutations se trouvent dans l’un des trois gènes liés à l’autisme. Ils ont jusqu’à présent confirmé la présence de la mutation dans 20 de ces cas après la naissance, ont-ils rapporté en janvier dans Nature Medicine.
Ce test peut être effectué dès la neuvième semaine de grossesse, avant que la plupart des anomalies soient visibles à l’échographie – ce qui offre la possibilité d’une intervention précoce, explique Jinglan Zhang, qui a dirigé l’étude.
Les techniques qui analysent l’ADN sans cellules ne détectent de manière fiable que trois anomalies chromosomiques, indique Martin ; le séquençage peut n’analyser que quelques dizaines de gènes et peut décourager les parents d’essayer d’autres tests qui pourraient fournir des résultats plus informatifs.
L’American College of Medical Genetics and Genomics a établi des directives sur l’information des femmes sur les limites des tests sans cellules. Cependant, selon une étude réalisée en avril, les entreprises ne respectent pas toutes ces directives.
L’article est apparu pour la première fois sur Spectrum le 10 avril.
J. Lord et al., « Analyse de séquençage exomique prénatal dans les anomalies structurelles fœtales détectées par échographie (PAGE) : une étude de cohorte », Lancet, 393:747-57, 2019.
S. Petrovski et al. « Whole-exome sequencing in the evaluation of fetal structural anomalies : a prospective cohort study », Lancet, 393:758-67, 2019.
J. Zhang et al, « Non-invasive prenatal sequencing for multiple Mendelian monogenic disorders using circulating cell-free fetal DNA, » Nat Med, 25:439-47, 2019.
.