La résistance armée organisée était la forme la plus énergique de l’opposition juive aux politiques nazies dans l’Europe occupée par l’Allemagne. Les civils juifs ont offert une résistance armée dans plus de 100 ghettos en Pologne occupée et en Union soviétique.
En avril-mai 1943, les Juifs du ghetto de Varsovie se sont soulevés par une révolte armée après des rumeurs selon lesquelles les Allemands allaient déporter les habitants restants du ghetto vers le centre de mise à mort de Treblinka. Alors que les SS et les unités de police allemandes pénètrent dans le ghetto, les membres de la Zydowska Organizacja Bojowa (ZOB) et d’autres groupes juifs attaquent les chars allemands avec des cocktails Molotov, des grenades à main et une poignée d’armes légères. Bien que les Allemands, choqués par la férocité de la résistance, parviennent à mettre fin aux principaux combats en quelques jours, il faut aux forces allemandes, largement supérieures, près d’un mois avant de pouvoir pacifier complètement le ghetto et déporter la quasi-totalité des habitants restants. Pendant des mois après la fin du soulèvement du ghetto de Varsovie, des résistants juifs individuels ont continué à se cacher dans les ruines du ghetto, que les unités SS et de police patrouillaient pour prévenir les attaques contre le personnel allemand.
Au cours de la même année, les habitants du ghetto se sont soulevés contre les Allemands à Vilna (Vilnius), Bialystok et dans un certain nombre d’autres ghettos. De nombreux combattants des ghettos ont pris les armes en sachant que la majorité des habitants des ghettos avaient déjà été déportés vers les centres d’extermination, et en sachant aussi que leur résistance, même maintenant, ne pouvait pas sauver de la destruction les Juifs restants qui ne pouvaient pas se battre. Mais ils ont combattu au nom de l’honneur juif et pour venger le massacre de tant de Juifs.
Des milliers de jeunes Juifs ont résisté en s’échappant des ghettos vers les forêts. Là, ils ont rejoint des unités de partisans soviétiques ou ont formé des unités de partisans séparées pour harceler les occupants allemands.
Bien que de nombreux membres du conseil juif (Judenrat) aient coopéré sous la contrainte avec les Allemands jusqu’à ce qu’ils soient eux-mêmes déportés, certains, comme le président du conseil juif Moshe Jaffe à Minsk, ont résisté en refusant d’obtempérer lorsque les Allemands lui ont ordonné de remettre des Juifs pour la déportation en juillet 1942.
Les prisonniers juifs se sont soulevés contre leurs gardiens dans trois centres de mise à mort. A Treblinka en août 1943 et à Sobibor en octobre 1943, des prisonniers armés d’armes volées attaquèrent le personnel SS et les gardes auxiliaires formés à Trawniki. Les Allemands et leurs auxiliaires ont tué la plupart des rebelles, soit pendant le soulèvement, soit plus tard, après avoir chassé ceux qui s’étaient échappés. Plusieurs dizaines de prisonniers ont cependant échappé à leurs poursuivants et ont survécu à la guerre. En octobre 1944, à Auschwitz-Birkenau, les membres du détachement spécial juif (Sonderkommando) se sont mutinés contre les gardes SS. Près de 250 d’entre eux sont morts au cours des combats ; les gardes SS en ont abattu 200 autres après la répression de la mutinerie. Plusieurs jours plus tard, les SS ont identifié cinq femmes, dont quatre juives, qui avaient participé à la fourniture aux membres du Sonderkommando d’explosifs pour faire sauter un crématorium. Les cinq femmes ont été tuées.
Dans de nombreux pays occupés par les Allemands ou alliés à eux, la résistance juive a souvent pris la forme d’aide et de sauvetage. Les autorités juives de Palestine ont envoyé des parachutistes clandestins comme Hannah Szenes en Hongrie et en Slovaquie en 1944 pour apporter toute l’aide qu’ils pouvaient aux Juifs qui se cachaient. En France, divers éléments de la résistance juive se sont regroupés pour former différents groupes de résistance, dont l’Armée Juive qui opérait dans le sud de la France. De nombreux Juifs ont combattu en tant que membres de mouvements de résistance nationaux en Belgique, en France, en Italie, en Pologne, en Yougoslavie, en Grèce et en Slovaquie.
Les Juifs des ghettos et des camps ont également répondu à l’oppression nazie par diverses formes de résistance spirituelle. Ils ont fait des efforts conscients pour préserver l’histoire et la vie communautaire du peuple juif malgré les efforts des nazis pour éradiquer les Juifs de la mémoire humaine. Ces efforts comprenaient : la création d’institutions culturelles juives, la poursuite de l’observation des fêtes et des rituels religieux, l’enseignement clandestin, la publication de journaux clandestins, la collecte et la dissimulation de documents, comme dans le cas des archives Oneg Shabbat à Varsovie qui raconteraient l’histoire des Juifs du ghetto de Varsovie, malgré sa destruction en 1943.
.