Au XVIe siècle, le comte Muzio Tuttavilla a fait réaliser des travaux de bonification dans la vallée du fleuve Sarno dans le but de creuser un canal. Au cours des fouilles, l’architecte Fontana a trouvé des bâtiments aux murs décorés dans la zone connue sous le nom de « Collina della Civita ». Cette découverte a été documentée et laissée en l’état, et les travaux du canal ont continué. Les fouilles à Pompéi reprennent en 1748 sous le règne de Charles de Bourbon, alors que les fouilles déjà en cours à Herculanum annoncent des découvertes sensationnelles. Les fouilles de Pompéi furent un effort monumental, les ressources étant canalisées vers les plus grands travaux d’excavation jamais réalisés. À quelques brèves interruptions près, ces travaux se sont poursuivis jusqu’à aujourd’hui. Herculanum ayant été recouverte par une coulée de boue, les travaux d’excavation ont mieux progressé à Pompéi, car il était beaucoup plus difficile d’enlever la couverture de boue solidifiée que de dégager Pompéi des couches de cendres et de pierres lapilli.
L’intérêt pour les recherches à Pompéi connut une nouvelle vigueur lorsque de nombreux bâtiments autour du Forum et certaines maisons prestigieuses furent découverts entre 1806 et 1832.
En 1860, Giuseppe Fiorelli fut nommé directeur du site archéologique de Pompéi et il introduisit pour la première fois une méthodologie qui combinait la découverte avec le concept de conservation. Cette technique a été appliquée à toutes les fouilles en cours, qui, à partir de ce moment-là, n’ont plus été inspirées par le seul désir de trouver des objets précieux et des bâtiments importants.
Pour la première fois, le désir de faire revivre l’une des plus grandes villes de l’histoire a conduit à des fouilles rationnelles et bien planifiées, maison par maison. Une technique de creusement, selon laquelle les fouilles commençaient au niveau du toit et descendaient vers le sol couche par couche, a été introduite pour éviter que les bâtiments ne s’effondrent vers l’extérieur sur les routes précédemment excavées.
Une importante phase de recherche a suivi entre 1875 et 1893 sous la direction de l’architecte Michele Ruggiero. De nombreuses insulae ont été mises au jour ainsi que de nombreuses maisons dans les zones connues sous le nom de « REGIO V », « REGIO VIII » et « REGIO IX » mais, plus important encore, des travaux de restauration ont commencé sur plus de cinq cents peintures à fresque trouvées sur les murs des maisons.
Les travaux ont connu une phase délicate sous la direction de Vittorio Spinazzola et les fouilles menées entre 1910 et 1924 se sont concentrées sur les zones sud de la ville. L’objectif était de mettre au jour tout le tronçon de la rue principale, Via dell’Abbondanza, en mettant au jour les façades des bâtiments qui la bordent et qui relient l’Amphithéâtre au Forum. Cela a posé des problèmes pour contenir les façades des bâtiments, car elles étaient désormais soumises à la pression des grandes quantités de cendres qu’elles contenaient.
En outre, le fait que les chercheurs trouvaient continuellement des objets intéressants signifiait qu’ils commençaient parfois à creuser dans les insulae par pure curiosité, puis les abandonnaient. C’est ainsi que l’on trouve aujourd’hui plusieurs maisons qui n’ont été que partiellement fouillées. Puis vint l’archéologue Amedeo Maiuri qui fut responsable de la découverte de nombreux objets entre 1924 et 1961 et, surtout, l’auteur de nombreuses études et interprétations fondamentales. C’est grâce à lui que de nombreux chapitres importants ont été écrits dans le grand livre de l’archéologie que nous appelons Pompéi.
Giuseppe Spano, une figure du monde universitaire qui a travaillé comme directeur des fouilles archéologiques pendant la surintendance de Maiuri, a été l’auteur de nombreux travaux qui ont aidé à comprendre l’histoire des établissements autour du Vésuve.
La période contemporaine a été caractérisée non seulement par de nouvelles découvertes, mais aussi par de graves problèmes concernant la préservation de ce qui a été trouvé dans le passé (indépendamment de l’état de l’économie nationale, l’État italien a montré une grande réticence à dépenser de l’argent public dans ce secteur ), et par la nécessité d’ouvrir de nouveaux chapitres de l’histoire de Pompéi dans le cadre d’une approche interdisciplinaire.