A valós idejű kvantitatív polimeráz-lánc-reakció (qPCR) az alapkutatás különböző alkalmazásaihoz használt standard technika a legtöbb laboratóriumban. A qPCR-adatok elemzése a teljes kísérlet döntő fontosságú része, ami módszerek sokaságának kifejlesztéséhez vezetett. A kiadott eszközök vagy a munkafolyamat bizonyos részeit fedik le, vagy teljes elemzési megoldásokat kínálnak.
Itt 27 nyílt hozzáférésű szoftvercsomagot és eszközt tekintettünk át a qPCR-adatok elemzéséhez. A felmérés 8 Microsoft Windows, 5 webalapú, 9 R-alapú és 5 egyéb platformról származó eszközt tartalmaz. A vizsgált csomagok és eszközök különböző qPCR-alkalmazások elemzését támogatják, például az RNS-kvantitást, a DNS-metilálást, a genotipizálást, a kópiaszám-változások azonosítását és a digitális PCR-t. Áttekintést adunk az egyes szoftvereszközök funkcionalitásáról, jellemzőiről és sajátos követelményeiről, például az adatcsereformátumokról, a grafikus felhasználói felület elérhetőségéről, a grafikus adatmegjelenítéshez mellékelt eljárásokról és a felkínált statisztikai módszerekről. Emellett áttekintést nyújtunk a mennyiségi meghatározási stratégiákról, és beszámolunk a qPCR különböző alkalmazásairól.
Az átfogó felmérésünk azt mutatta, hogy a legtöbb eszköz saját fájlformátumot használ, és a jelenleg létező eszközöknek csak töredéke támogatja az RDML szabványosított adatcsereformátumot. A qPCR-adatok ésszerűbb és összehasonlíthatóbb elemzésének lehetővé tétele érdekében több gyártónak és eszköznek kell adaptálnia a szabványosított formátumot, hogy ösztönözze az adatcserét a műszerszoftverek, az elemzőeszközök és a kutatók között.