A szervezett fegyveres ellenállás volt a náci politikával szembeni zsidó ellenállás legerőteljesebb formája a német megszállás alatt álló Európában. A zsidó civilek a megszállt Lengyelország és a Szovjetunió több mint 100 gettójában nyújtottak fegyveres ellenállást.
1943 április-májusában a varsói gettóban élő zsidók fegyveres felkelésbe kezdtek, miután hírek szerint a németek a megmaradt gettólakókat a treblinkai gyilkolóközpontba deportálják. Amikor a német SS- és rendőri egységek bevonultak a gettóba, a Zsidó Harcoló Szervezet (Zydowska Organizacja Bojowa; ZOB) és más zsidó csoportok tagjai Molotov-koktélokkal, kézigránátokkal és maroknyi kézifegyverrel támadtak a német tankokra. Bár a németek, akiket sokkolt az ellenállás hevessége, néhány napon belül véget tudtak vetni a nagyobb harcoknak, a hatalmas túlerőben lévő német erőknek közel egy hónapba telt, mire teljesen le tudták békíteni a gettót, és gyakorlatilag az összes megmaradt lakost deportálni tudták. A varsói gettólázadás befejezése után még hónapokig egyes zsidó ellenállók továbbra is a gettó romjain bújtak el, ahol SS- és rendőri egységek járőröztek, hogy megakadályozzák a német személyzet elleni támadásokat.
Az év folyamán Vilnában (Vilnius), Bialystokban és számos más gettóban is fellázadtak a gettó lakói a németek ellen. Sok gettóharcos annak tudatában fogott fegyvert, hogy a gettólakók többségét már deportálták a gyilkos központokba; és annak tudatában is, hogy ellenállásuk még most sem mentheti meg a pusztulástól a megmaradt, harcképtelen zsidókat. De harcoltak a zsidó becsületért és azért, hogy megbosszulják a sok zsidó lemészárlását.
Fiatal zsidók ezrei álltak ellen a gettókból az erdőkbe menekülve. Ott csatlakoztak a szovjet partizánegységekhez, vagy külön partizánegységeket alakítottak, hogy zaklassák a német megszállókat.
Noha sok zsidó tanácstag (Judenrat) kényszerből együttműködött a németekkel, amíg őket is deportálták, néhányan, mint például Moshe Jaffe, a zsidó tanács elnöke Minszkben, ellenálltak, megtagadva az engedelmességet, amikor a németek 1942 júliusában arra utasították, hogy zsidókat adjon át deportálásra.
Három gyilkolóközpontban zsidó foglyok fellázadtak az őreik ellen. Treblinkában 1943 augusztusában és Sobiborban 1943 októberében a rabok lopott fegyverekkel felfegyverkezve támadtak az SS-személyzetre és a Trawniki által kiképzett segédőrökre. A németek és segédszemélyzeteik a lázadók többségét megölték, vagy a felkelés során, vagy később, miután levadászták a szökevényeket. Néhány tucat fogoly azonban elkerült üldözőik elől, és túlélte a háborút. 1944 októberében Auschwitz-Birkenauban a zsidó különítmény (Sonderkommando) tagjai fellázadtak az SS-őrök ellen. A harcok során közel 250-en haltak meg; a lázadás leverése után az SS-őrök további 200-at lelőttek. Néhány nappal később az SS azonosított öt nőt, köztük négy zsidót, akik részt vettek abban, hogy a Sonderkommando tagjait robbanóanyaggal lássák el egy krematórium felrobbantásához. Mind az öt nőt megölték.
A németek által megszállt vagy velük szövetséges országokban a zsidó ellenállás gyakran segélyezés és mentés formájában jelentkezett. A palesztinai zsidó hatóságok 1944-ben titkos ejtőernyősöket küldtek Magyarországra és Szlovákiába, mint például Szenes Hannát, hogy nyújtsanak bármilyen segítséget a bujkáló zsidóknak. Franciaországban a zsidó földalatti mozgalom különböző elemei különböző ellenállási csoportokba tömörültek, köztük az Armée Juive (Zsidó Hadsereg), amely Dél-Franciaországban működött. Sok zsidó harcolt a nemzeti ellenállási mozgalmak tagjaként Belgiumban, Franciaországban, Olaszországban, Lengyelországban, Jugoszláviában, Görögországban és Szlovákiában.
A gettókban és táborokban élő zsidók a náci elnyomásra a szellemi ellenállás különböző formáival is válaszoltak. Tudatos kísérleteket tettek arra, hogy megőrizzék a zsidó nép történelmét és közösségi életét a zsidóknak az emberi emlékezetből való kiirtására irányuló náci erőfeszítések ellenére. Ezek az erőfeszítések közé tartoztak: zsidó kulturális intézmények létrehozása, a vallási ünnepek és rituálék további megtartása, titkos oktatás, földalatti újságok kiadása, valamint dokumentumok gyűjtése és elrejtése, mint például a varsói Oneg Shabbat archívum esetében, amely a varsói gettóban élő zsidók történetét mesélte el, annak ellenére, hogy 1943-ban megsemmisítették.