原因は完全には解明されていませんが、多因子性であると考えられています。 アフタ性口内炎は単一の疾患ではなく、異なる原因を持つ疾患群であることが示唆されている。 複数の研究により原因菌の特定が試みられていますが、アフタ性口内炎は非伝染性、非感染性であり、性交渉による感染はないと考えられています。 粘膜破壊は、インターロイキンや腫瘍壊死因子α（TNF-α）の生成を伴うT細胞（Tリンパ球）介在の免疫反応の結果であると考えられている。 また、マスト細胞やマクロファージも関与し、T細胞とともにTNF-αを分泌しています。 初期のアフタ性潰瘍を生検すると、組織学的に高密度の炎症性浸潤を示し、その80%はT細胞で構成されている。 また、アフタ性口内炎を持つ人は、熱ショック蛋白65-60のペプチド91-105と反応するリンパ球が循環しており、アフタ性口内炎を持つ人の末梢血中のCD4+ T細胞とCD8+ T細胞の比率は低下している。
アフタ性口内炎は他の自己免疫疾患、すなわち全身性エリテマトーデス、ベーチェット病、炎症性腸疾患と関連していると言われている。
T細胞を介した粘膜破壊のメカニズムについては強い証拠があるが、このプロセスの正確な誘因は不明であり、人により多様であると考えられている。 このことから、誘因はいくつも考えられ、それぞれが異なるサブグループに疾患を生じさせる可能性があることが示唆される。 言い換えれば、異なるサブグループには異なる原因があると思われる。 これらは、一次的な免疫調節障害、粘膜バリアーの低下、抗原感受性の亢進の3つのグループに大別される（下記参照）。
ImmunityEdit
少なくともアフタ性口内炎患者の40%は家族歴があり、遺伝的に口内炎になりやすい人がいることが示唆されています。 HLA-B12，HLA-B51，HLA-Cw7，HLA-A2，HLA-A11，HLA-DR2などは，アフタ性口内炎に関連するヒト白血球抗原型の一例である。 しかし、これらのHLA型は本疾患との関連に一貫性がなく、また、民族によっても異なります。
ストレスは免疫系に影響を与えるので、ストレスと直接関連する症例があるのはそのためかもしれません。 学生を対象とした調査では、試験期間中に潰瘍が悪化し、休暇中に軽減されることがよく報告されている。
アフタ様潰瘍は、周期性好中球減少症やヒト免疫不全ウイルス感染症など、全身的な免疫調節障害を伴う病態でも発生する。 周期性好中球減少症では，重度の免疫異常の時期に，より重度の口腔内潰瘍が発生し，基礎疾患である好中球減少症の解消が潰瘍の治癒と関連している。 CD4+T細胞の減少によってCD8+T細胞の割合が相対的に増加することが、HIV感染におけるRAS型潰瘍に関与している可能性がある。 通常、潰瘍は口腔内の薄く、非角化性の粘膜表面に形成される。 粘膜の厚さを減少させる因子は発生頻度を増加させ、粘膜の厚さを増加させる因子は潰瘍形成の減少と相関している。
アフタ性口内炎に関連する栄養欠乏（ビタミンB12、葉酸、鉄）はすべて口腔粘膜の厚さの減少（萎縮）を引き起こすことがある。
局所外傷もアフタ性口内炎に関連しており、外傷が粘膜バリアを低下させることが知られている。 外傷は、口腔内の局所麻酔薬の注射時、あるいは歯科治療時、歯が折れるなど口腔内の鋭利な面による摩擦外傷、あるいは歯磨きによる外傷などが考えられる。 ある研究では、アフタ性口内炎を持つ女性の小グループは、月経周期の黄体期または避妊用ピルの使用により、アフタ性潰瘍の発生が少なかったと報告している。 この時期は黄体ホルモン濃度の低下、粘膜増殖、角化などと関連している。 このサブグループは、妊娠中にしばしば寛解を経験します。 しかし、他の研究では、アフタ性口内炎と月経、妊娠、閉経との間に相関はないと報告されている。
アフタ性口内炎は喫煙者に多く、習慣期間と症状の重さにも相関が見られる。 タバコの使用は、口腔粘膜の角化の亢進と関連している。 極端な場合には、白板症やニコチン性口内炎（喫煙者角化症）として現れることがある。 この角化の亢進は、粘膜を機械的に補強し、軽微な外傷の後に形成される潰瘍の傾向を減少させ、あるいは微生物や抗原に対してより実質的な障壁を提示すると考えられるが、これについては不明である。 また、ニコチンは副腎ステロイドの産生を刺激し、TNF-α、インターロイキン-1およびインターロイキン-6の産生を低下させることが知られている。 無煙たばこ製品もアフタ性口内炎を予防するようです。 禁煙は時に、それまで無縁だった人のアフタ性口内炎の発症に先行したり、すでにアフタ性潰瘍を経験していた人の病状を悪化させることが知られています。 この相関関係にもかかわらず、喫煙を再開しても症状が軽くなることは通常ない。
抗原性感受性編集
L型溶連菌、単純ヘルペスウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、アデノウイルス、サイトメガロウイルスなどさまざまな抗原性の引き金として関与しているとされている。 アフタ性口内炎では、粘膜上皮内にヘルペスウイルスが認められることがありますが、生産的な感染は認められません。 一部の患者では、潰瘍の発作は、無症状のウイルス排出およびウイルス価の上昇と同時に起こる。
場合によっては、再発性の口内炎はアレルギー反応の現れであることがある。 考えられるアレルゲンには、特定の食品（例えば、チョコレート、コーヒー、イチゴ、卵、ナッツ、トマト、チーズ、柑橘類、安息香酸塩、シンナムアルデヒド、強酸性食品）、歯磨き粉、マウスウォッシュなどがある。
一部の歯磨き粉やその他の口腔ケア製品に含まれる洗浄剤であるラウリル硫酸ナトリウム（SLS）は、一部の個人において口腔内潰瘍を引き起こす可能性がある。 SLSを含む歯磨き粉を使用している人にアフタ性口内炎が多いこと、SLSを含まない歯磨き粉を使用すると潰瘍がある程度減少することが示されています。 SLSは口腔衛生用品にほぼ遍く使用されているため、SLSによるアフタ性口内炎の素因が本当にあるとは考えにくいとする意見もある。
全身性疾患編集
ベーチェット病 セリアック病 周期性好中球減少症 栄養不足 IgA 欠乏症 免疫不全状態、e.HIV/AIDS 炎症性腸疾患 MAGIC症候群 PFAPA症候群 反応性関節炎 Sweet症候群 外陰部急性潰瘍
いくつかの全身性疾患に関連して、アフタス様潰瘍が生じることがある（表参照）。 これらの潰瘍は臨床的にも病理組織学的にもアフタ性口内炎の病変と同一であるが、この種の口腔内潰瘍はある筋からは真のアフタ性口内炎とは見なされていない。 これらの疾患の中には、結膜や生殖器粘膜など、口腔以外の粘膜面に潰瘍を形成するものもある。
ベーチェット病は、口内炎、性器潰瘍、前部ぶどう膜炎の三徴候を有する疾患である。 ベーチェット病の主な特徴は、アフタ様潰瘍ですが、これは通常、全身的な原因のないアフタ性口内炎で見られるものより重症で、典型的には大腸菌性潰瘍または疱疹状潰瘍あるいはその両方に類似しています。 25～75％の症例でアフタ様潰瘍が初発症状となる。 ベーチェット病は、シルクロード（地中海と極東の間）に沿った地域を起源とする民族に多くみられます。 アメリカやイギリスなどの他の国では、稀な疾患である傾向があります。 マジック症候群は、ベーチェット病の変種の可能性があり、アフタ様潰瘍を伴います。 炎症性軟骨を伴う口腔・性器潰瘍」（再発性多発性軟骨炎）の略称です。
PFAPA 症候群は、小児に発症しやすいまれな疾患です。 周期性発熱、アフタ、咽頭炎、頸部腺炎」（首のリンパ節の炎症）の頭文字をとって名づけられました。 発熱は約3～5週間おきに周期的に起こります。 扁桃摘出や免疫抑制によって症状が改善することから、免疫学的な原因が示唆されています。
周期性好中球減少症では、約21日ごとに血液中の好中球のレベルが低下します。 日和見感染はよく起こり、アフタ様潰瘍はこの時期に最も悪化する。
ヘマチン欠乏症（ビタミンB12、葉酸および鉄）は、単独または組み合わせで起こり、基礎疾患の消化器疾患の有無にかかわらず、RAS患者では2倍に多い可能性がある。 しかし、鉄とビタミンのサプリメントが潰瘍を改善することはまれである。 ビタミンB12欠乏症との関係については、多くの研究がなされている。 これらの研究では、再発性潰瘍を持つ人の0〜42％がビタミンB12欠乏症であることが分かっているが、欠乏症との関連は稀である。 欠乏症がない場合でも、メカニズムが不明確なため、ビタミンB12の補給が有効である場合がある。 ヘマチン欠乏症は貧血を引き起こし、これもアフタ様潰瘍と関連する。
消化器疾患は時にアフタ様口内炎と関連する。例えば、最も一般的にはセリアック病だが、クローン病や潰瘍性大腸炎のような炎症性腸疾患もこれにあたる。 胃腸障害とアフタ性口内炎の関連は、おそらく吸収不良による栄養欠乏が関係していると思われます。 RASの患者のうち、セリアック病の患者は5％未満で、通常、重度の栄養不良、貧血、腹痛、下痢、舌炎（舌の炎症）などがみられます。 時には、アフタ様潰瘍がセリアック病の唯一の徴候となることもあります。
アフタ様潰瘍と関連する全身疾患の例としては、反応性関節炎、多形紅斑の再発などがある
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