組織的な武装抵抗は、ドイツ占領下のヨーロッパにおけるナチスの政策に対するユダヤ人の最も強力な反対の形態であった。 1943年4月から5月にかけて、ワルシャワのゲットーにいたユダヤ人は、ドイツ軍がゲットーの残りの住民を殺戮センター「トレブリンカ」に送還するという噂を聞いて、武装蜂起をした。 ドイツ軍のSSや警察部隊がゲットーに侵入すると、ユダヤ人戦闘組織（Zydowska Organizacja Bojowa; ZOB）や他のユダヤ人グループのメンバーが火炎瓶や手榴弾、わずかな小銃を持ってドイツ軍の戦車を攻撃した。 ドイツ軍は抵抗の激しさに衝撃を受け、数日で主要な戦闘を終わらせることができたが、圧倒的に優勢なドイツ軍がゲットーを完全に平定し、残った住民のほぼ全員を強制送還するまでには1ヶ月近くを要した。 ワルシャワ・ゲットー蜂起の終結後、数か月間、個々のユダヤ人抵抗者はゲットーの廃墟に隠れ続け、SSと警察部隊はドイツ人への攻撃を防ぐためにパトロールを行った
同年、ゲットーの住民はヴィルナ（ヴィリニュス）やビアリストク、その他多くのゲットーでドイツ人に反抗する蜂起を行った。 多くのゲットー戦士は、ゲットー住民の大半がすでに殺戮拠点に追放されていることを知りながら、また、今もなお彼らの抵抗が戦えない残りのユダヤ人を破壊から救えないことを知りながら、武器を手にしたのである。 しかし、彼らは、ユダヤ人の名誉のために、そして、多くのユダヤ人の虐殺を討つために戦ったのである
何千人もの若いユダヤ人がゲットーから森に逃れて抵抗した。 そこで、彼らはソ連のパルチザン部隊に参加したり、ドイツ占領軍に嫌がらせをするために別のパルチザン部隊を結成した。
多くのユダヤ人評議会（Judenrat）メンバーは、彼ら自身が追放されるまで強制的にドイツ軍に協力したが、ミンスクのユダヤ人評議長Moshe Jaffeのように、1942年7月にドイツ軍が追放のためにユダヤ人を引き渡すことを命令すると拒否し抵抗する者もいた
ユダヤ人の囚人は3つの殺害施設で警備員に抵抗するために立ち上がった。 1943年8月のトレブリンカと1943年10月のソビボルでは、盗んだ武器で武装した囚人たちがSSスタッフとトラウニキの訓練を受けた補助警備員を攻撃しました。 ドイツ軍とその補助兵は、反乱の際に、あるいはその後、逃亡者を追い詰めた後に、反乱者のほとんどを殺害しました。 しかし、数十人の捕虜は追っ手を振り切り、戦後も生き延びた。 1944年10月、アウシュビッツ・ビルケナウで、ユダヤ人特別分遣隊（ゾンダーコマンド）の隊員がSSの看守に対して反乱を起こしました。 反乱が鎮圧された後、SS看守はさらに200人を射殺した。 数日後、SSは、ゾンダーコマンドのメンバーに火葬場を爆破するための爆薬を供給していた5人の女性（そのうち4人はユダヤ人）を特定しました。 2397>
ドイツに占領された、あるいは同盟した多くの国々で、ユダヤ人の抵抗はしばしば援助と救援という形で行われた。 パレスチナのユダヤ人当局は、1944年にハンナ・シェネスのような秘密のパラシュート部隊をハンガリーやスロヴァキアに送り込み、隠れているユダヤ人にできる限りの援助を行いました。 フランスでは、ユダヤ人の地下組織が統合され、南仏で活動したユダヤ人部隊を含む様々なレジスタンス・グループが形成されました。 ベルギー、フランス、イタリア、ポーランド、ユーゴスラビア、ギリシャ、スロバキアでは、多くのユダヤ人が民族抵抗運動のメンバーとして戦いました
ゲトーや収容所にいたユダヤ人も、さまざまな形の精神的抵抗でナチの弾圧に応じました。 ユダヤ人を人間の記憶から抹殺しようとするナチスの努力にもかかわらず、彼らはユダヤ人の歴史と共同生活を保存するための意識的な試みを行った。 こうした努力には、ユダヤ人文化施設の創設、宗教的祝日や儀式の継続、秘密教育の実施、地下新聞の発行、ワルシャワのゲットーにおけるユダヤ人の物語を伝えるワルシャワのオネグシャバト資料館のように、1943年の破壊にもかかわらず資料を収集・隠匿することなどがあった