藻類には、原核生物と真核生物の2種類の基本的な細胞があります。 原核細胞は膜で囲まれた小器官（プラスティド、ミトコンドリア、核、ゴルジ体、フラゲラ）を持たず、シアノバクテリアに存在する。 残りの藻類は真核生物で、小器官を持つ。
Cyanobacteria
Bacterial Cell: A prokaryotic
A eukaryotic cellはしばしば多糖類からなる細胞壁に囲まれるが、これは一部ゴルジ体が生産し分泌しているものである。 この膜は原形質中のサブスタンスの流入と流出を制御する役割を担う生きた構造体であり、細胞の残りの部分を包んでいるのが形質膜（プラズマレンマ）である。 運動器官である鞭毛は、その拍動によって細胞を媒質中に推進させる。 鞭毛は細胞膜に包まれており、特定の本数と向きの微小管を持っている。 細胞の遺伝物質を含む核は、孔の開いた二重膜に囲まれている。 核の中身は、核小体、染色体、背景物質または迦楼羅である。 葉緑体にはチラコイドと呼ばれる膜の袋があり、光合成の光反応を行う。 チラコイドは、炭素固定という暗反応が行われるストロマに埋め込まれている。 間質には小さな70Sリボソーム、DNA、そして場合によっては貯蔵産物がある。 葉緑体は、葉緑体包膜という2枚の膜に囲まれている。 葉緑体には貯蔵産物の形成に関わるピレノイドというタンパク質が密集した部分があることもある。
二重膜で囲まれたミトコンドリアには70SリボソームとDNAがあり、呼吸装置を含んでいる。 ゴルジ体は、システルナと呼ばれる膜の袋がいくつも積み重なった構造をしている。 ゴルジ体は、多糖類の生産と分泌に機能している。 細胞質には、大きな80Sリボソームや脂質体も存在する
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