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Bacillus megateriumは非常に有用で珍しい酵素と高い外酵素生産能を持っているので、50年以上も工業的に採用されている。 また、外部アルカリプロテアーゼを持たず、様々なプラスミドベクターを安定に維持できることから、インタクトなタンパク質を生産するための望ましいクローニングホストである。 この種の遺伝学的ツールとしては、生合成、異化、分裂、胞子形成、発芽、抗生物質耐性、組換えの過程をカバーする導入ファージや数百の変異体がある。 B. megaterium QM B1551株の7つのプラスミドには、バイオレメディエーションに有用と思われるいくつかの珍しい代謝系遺伝子が含まれている。 最近、タンパク質の精製を容易にするために、異なる強力な誘導性プロモーターと様々な組み合わせのアフィニティタグを持つ組み換えシャトルベクターがいくつか構築された。 また、リーダー配列により、アフィニティタグの付いたタンパク質を生育培地に輸送することが可能になった。 これらのプラスミドは商業的に入手可能である。 B. megaterium をより広く産業界で利用するために、胞子形成、プロテアーゼ欠損、紫外線感受性の変異体が構築された。 現在、2つの異なる株、プラスミドレスDSM319と7つの天然プラスミドを持つQM B1551のゲノム配列が入手可能である。 これらの配列から、生産宿主B. megateriumのシステムバイオテクノロジーによる最適化が可能になった。 B. megateriumは、遺伝学的に特徴づけられた数百の菌株、遺伝学的手法、ベクター、宿主、ゲノム配列からなる「ツールボックス」によって、産業、環境、実験への応用に理想的な生物であるといえます。