Real-time quantitative polymerase-chain-reaction (qPCR) is a standard technique in most laboratories used for various applications in basic research.This is a standard technique in most laboratories used for various applications. qPCRデータの解析は実験全体の中で重要な位置を占めており、そのため多くの手法が開発されている。 リリースされているツールは、ワークフローの特定の部分をカバーしているか、完全な解析ソリューションを提供している。
ここでは、qPCRデータの解析のための27のオープンアクセスなソフトウェアパッケージとツールを調査した。 調査対象は、Microsoft Windows 8種類、Webベース5種類、Rベース9種類、その他のプラットフォームからのツール5種類である。 RNA定量、DNAメチル化、ジェノタイピング、コピー数変異の同定、デジタルPCRなど、異なるqPCRアプリケーションの解析をサポートするパッケージやツールがレビューされています。 データ交換フォーマット、グラフィカルユーザーインターフェースの有無、グラフィカルデータプレゼンテーションの手順、提供される統計手法など、個々のソフトウェアツールの機能、特徴、特定の要件についての概要を報告する。 さらに、定量化戦略の概要を説明し、qPCRの様々なアプリケーションを報告する。
我々の包括的な調査では、ほとんどのツールが独自のファイルフォーマットを使用しており、現在あるツールのうち標準的なデータ交換フォーマットRDMLをサポートしているものはごく一部であることが判明した。 qPCRデータをより合理的かつ比較可能な形で解析するためには、より多くのベンダーやツールが標準化されたフォーマットを採用し、装置ソフトウェア、解析ツール、研究者間でのデータ交換を促進する必要があります。