Kontekst
Do roku 49 p.n.e. stosunki Cezara z rzymskim senatem niebezpiecznie się pogorszyły. Podbiwszy i spacyfikowawszy niedawno plemiona galijskie, stacjonował w Galii Cisalpińskiej, gdy otrzymał od senatu rozkaz zrzeczenia się dowództwa nad swoimi 10 legionami weteranów. Dwa legiony wysłał już do Rzymu w 51 roku p.n.e. na prośbę senatu, prawdopodobnie na kampanię partyjską, w której nigdy ich nie użyto. Niechętnie oddał resztę swoich legionów, z których dziewięć zimowało w Galii. Cezar zrozumiał, że jego kariera polityczna przepadnie, jeśli posłucha żądania senatu, ale wiedział też, że przeciwstawienie się mu będzie aktem wojny. Uznał, że wojna jest korzystna. W dniach 10-11 stycznia 49 roku p.n.e. Cezar przeprowadził Legio XIII Gemina przez rzekę Rubikon do Italii właściwej.
Senat był pewien, że miasta i miasteczka wzdłuż marszu Cezara na południe zjednoczą się w obronie republiki, ale to założenie szybko okazało się fałszywe. Pompejusz był w tym czasie jedynym konsulem i, choć kiedyś był kolegą Cezara, teraz był zdecydowanym obrońcą senatu i republiki. Senat miał tylko dwa legiony w Italii – dwa wysłane przez Cezara – a słabnące poparcie na północy komplikowało jego zdolność do zaciągnięcia nowych oddziałów. Pompejusz namawiał swoich kolegów senatorów do ewakuacji Rzymu i wycofania się wraz z armią do Brundisium (współczesne Brindisi), położonego na pięcie Półwyspu Apenińskiego. Kiedy Cezar dotarł do Rzymu, miasto otworzyło przed nim swoje bramy. Do marca został wzmocniony czterema swoimi galijskimi legionami i ruszył na Brundisium, ale nie wcześniej niż Pompejusz i senat opuścili Italię, by przegrupować się w Epirze.
Mając teraz w zasięgu ręki cały Półwysep Apeniński, Cezar zauważył, że podczas gdy mała armia Pompejusza była po drugiej stronie Adriatyku, siedem lojalistycznych legionów wciąż stacjonowało w Hispanii, choć bez generała. Postanowił najpierw wyeliminować większą armię, zanim zdąży się ona zorganizować. W kwietniu na krótko powrócił do Rzymu, gdzie ułaskawił swoich przeciwników politycznych, powołał nowy senat i zebrał co najmniej 14 legionów. Następnie, pozostawiając spory garnizon w Italii, Cezar połączył się z częścią swoich sił galijskich w południowej Galii, po czym przeprawił się do Hispanii. W sierpniu zmiażdżył lojalistów pod Ilerdą, a w następnym miesiącu zmusił do poddania się dwa legiony w Kordobie. Kiedy wrócił do Rzymu w październiku, senat Cezara ogłosił go dyktatorem, przyznając mu władzę zwierzchnią i szerokie uprawnienia nadzwyczajne.
W ciągu siedmiu miesięcy od ucieczki do Epiru Pompejusz i lojalni senatorowie stworzyli potężną armię. Obfite wschodnie prowincje i królestwa klienckie zwiększyły siłę bojową senatu do dziewięciu legionów na ziemi i floty liczącej 300 okrętów, która dominowała na morzu. Po zimowaniu w Dyrrhachium Pompejusz zamierzał najechać Italię i ocalić republikę przed despotyzmem, tak jak uczynił to jego mentor Sulla ponad 30 lat wcześniej. Cezar miał nadzieję zniweczyć ten plan w jego początkowej fazie. Senat spodziewał się, że Cezar przekroczy Adriatyk wiosną 48 roku p.n.e., kiedy pogoda będzie cieplejsza, a wiatry silniejsze. Zdziwili się, gdy w styczniu zastali go na brzegu Epiru z siedmioma legionami weteranów. Czterem legionom, dowodzonym przez Marka Antoniusza, silna flota lojalistów uniemożliwiła przeprawę i zostały zmuszone do przezimowania w Brundisium. To niepowodzenie nie przeszkodziło jednak Cezarowi. Przeszedł przez region, zajmując po drodze Apollonię i Oricum, aż do Dyrrhachium. Tam zbudował fortyfikacje wokół miasta i blokował je przez sześć miesięcy, w czasie których Antoniuszowi udało się dotrzeć do Cezara z czterema legionami z Brundisium. Pompejusz przełamał blokadę, ale nie zdołał zmiażdżyć armii Cezara.
Był już sierpień. Cezar i jego legiony wymknęli się nocą ze swojego obozu. Następnie pomaszerowali na wschód. Pompejusz ścigał ich, prawdopodobnie pod przymusem; jego koledzy senatorowie byli coraz bardziej niespokojni i domagali się szybkiego zakończenia tego, co trwało już ponad półtora roku wojny domowej. Cezar postanowił przedostać się przez góry Pindus do prowincji Macedonia, gdzie znalazł żyzną dolinę, by nakarmić swoje wojska w oczekiwaniu na wrogów. Dokładne miejsce, w którym Pompejusz rozbił obóz dla swoich legionów w tej dolinie – a co za tym idzie, nazwa bitwy – było przedmiotem gorącej debaty wśród uczonych, a sprawę komplikowały zarówno rozbieżności między starożytnymi relacjami, jak i współczesne dowody archeologiczne. Starsza teoria głosi, że rozbił on obóz na południowy wschód od rzeki Enipeus, na zboczu przylegającym do miasta Pharsalus (współczesna Fársala), od którego pochodzi konwencjonalna nazwa bitwy. Nowsza teoria, która zyskuje coraz większe poparcie, głosi, że obozował on na północ od rzeki na zboczu obok Palaepharsalus („starego Pharsalus”, prawdopodobnie współczesnego Kríni), w którym to przypadku bitwa byłaby właściwie nazwana bitwą pod Palaepharsalus. Niemniej jednak uczeni po obu stronach zgadzają się, że Pompejusz ustawił swoje legiony na zboczu oddalonym o kilka mil od obozu Cezara w dolinie i że Enipeus był naturalnym punktem orientacyjnym.