Quando Alexandre tinha treze anos, Filipe, até agora não muito envolvido na educação do seu filho, decidiu escolher um tutor para ele. O resultado se tornaria um dos mais famosos mentores-estudantes de relacionamento na história. As razões de Philip para escolher Aristóteles não foram puramente acadêmicas. Primeiro, havia a ligação familiar de Aristóteles: seu pai serviu como médico da corte a um antigo rei macedônio. Além disso, Aristóteles tinha servido anteriormente na corte de Hermeias em Atarneus, e uma aliança lá seria útil para os planos de Philip de invadir a Pérsia.
A posição também se adequava a Aristóteles. Não só ofereceu uma alta honra e a chance de continuar sua pesquisa sob o mais poderoso dos estados gregos, como também lhe deu a oportunidade de influenciar o desenvolvimento do futuro líder daquele estado. Como pagamento final, Philip também restaurou a cidade natal de Aristóteles, Stagira, que ele mesmo havia conquistado anos antes.
A educação de Alexander ocorreu num cenário retirado da capital de Pela, na aldeia mais isolada de Mieza, dentro da chamada Prefeitura das Ninfas. Nesta ruralseclusão, Alexandre foi acompanhado por vários dos seus mais notáveis personagens, alguns dos quais os próprios futuros reis. Na partida de Alexandre, Philip exortou seu filho a trabalhar duro e a aprender a evitar a repetição dos erros do pai. Em resposta, Alexandre repreendeu seu pai por ter tido filhos de outras mulheres. A este respeito, Alexandre parece ter sido perturbado não tanto por qualquer compunção moral, mas sim preocupado com conflitos futuros sobre a sucessão ao trono do seu pai. A ambição de Alexandre era, portanto, evidente mesmo nesta fase, se não antes.
A educação de Alexandre era, em sua maioria, formal, não o tipo de treinamento de vida que poderíamos imaginar em uma relação de mentor. Ao contrário, o currículo consistia principalmente em disciplinas padrão como poesia, retórica, geometria, astronomia e erística – a prática de argumentar um ponto de vista de ambos os lados. Alexander desenvolveu um interesse particular em medicina – e não apenas um interesse teórico, pois na verdade ele prescreveu tratamentos para amigos doentes ao longo de sua vida. Quando Alexander partiu em sua invasão asiática, ele trouxe junto com ele um grande grupo de zoólogos e botânicos, que retornaram com materiais coletados e informações que formariam a base para trabalhos científicos pioneiros. Outro dos temas favoritos de Alexandre era a poesia grega. Ele tinha uma reverência especialmente forte para Homero, e ele até viu o mítico Aquiles como modelo a seguir em sua própria vida.
Pois talvez mais conhecido por seus tratados científicos, Aristóteles também publicou sua Ética e Política, e sua influência nestas áreas também chegou a Alexandre. Aristóteles reforçou esta influência particularmente no que diz respeito aos chamados bárbaros – um termo que foi usado para caracterizar essencialmente os gregos allnon. O próprio Alexandre já era apaixonadamente anti-persa; e Aristóteles forneceu-lhe as justificações intelectuais para a sua missão, que herdou. Aristóteles acreditava que a escravidão era uma instituição natural, e que os bárbaros eram por natureza destinados a serem escravos. Ele, portanto, encorajou Alexandre a ser um gregos de chumbo e um déspota dos bárbaros, tratando os primeiros como amigos e os segundos como animais.
Aristóteles via os bárbaros como vivendo apenas através e para os seus sentidos, incapazes de se elevarem acima do hedonismo. Alexandre, infundindo desejo de seguir um paradigma heróico, naturalmente colocou grande valor na honra, e com ela as virtudes do autocontrole e da abnegação.A influência de Aristóteles foi provavelmente essencial nesses aspectos, pois ele empurrou Alexandre por um caminho que divergia muito do modelo mais precário estabelecido por seu pai.
Alexander passou três anos estudando com o grande filósofo. Enquanto isso, seu pai mobilizava tropas para fazer uma visita aos não-complacentes em Perinto e Bizâncio. Em 340 a.C., Philip convocou o Alexandre de dezesseis anos para voltar e servir como Regente da Macedónia e Mestre do Selo Real, na ausência de Philip. Assim, Alexandre se aposentaria da Academia e começaria as lições das responsabilidades da vida real.