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Bacillus megaterium tem sido empregado industrialmente por mais de 50 anos, pois possui algumas enzimas muito úteis e incomuns e uma alta capacidade para a produção de exoenzimas. É também um hospedeiro de clonagem desejável para a produção de proteínas intactas, pois não possui proteases alcalinas externas e pode manter de forma estável uma variedade de vectores plasmídicos. As ferramentas genéticas para esta espécie incluem a transdução de fagos e várias centenas de mutantes cobrindo os processos de biossíntese, catabolismo, divisão, esporulação, germinação, resistência aos antibióticos e recombinação. Os sete plasmídeos da linhagem B. megaterium QM B1551 contêm vários genes metabólicos incomuns que podem ser úteis na biorremediação. Recentemente, vários vetores recombinantes de vaivém carregando diferentes promotores fortes e induzíveis e várias combinações de marcas de afinidade para purificação simples de proteínas foram construídas. Sequências de chumbo – a exportação mediada de proteínas marcadas por afinidade para o meio de crescimento foi possível. Estes plasmídeos estão disponíveis comercialmente. Para uma aplicação mais ampla de B. megaterium na indústria, foram construídos mutantes esporulantes e deficientes em proteínas, bem como mutantes sensíveis aos raios UV. A sequência genómica de duas linhagens diferentes, DSM319 sem plasmídeos e QM B1551 com sete plasmídeos naturais, está agora disponível. Estas sequências permitem uma optimização biotecnológica dos sistemas do hospedeiro de produção B. megaterium. Ao todo, uma “caixa de ferramentas” de centenas de estirpes geneticamente caracterizadas, métodos genéticos, vetores, hospedeiros e seqüências genômicas tornam o B. megaterium um organismo ideal para aplicações industriais, ambientais e experimentais.