Resistência Armada Organizada foi a forma mais vigorosa de oposição judaica às políticas nazistas na Europa ocupada pela Alemanha. Os civis judeus ofereceram resistência armada em mais de 100 guetos na Polônia ocupada e na União Soviética.
Em abril-maio de 1943, os judeus do gueto de Varsóvia levantaram-se em revolta armada após rumores de que os alemães deportariam os restantes habitantes do gueto para o centro assassino de Treblinka. Quando as SS alemãs e as unidades policiais entraram no gueto, membros da Organização Judaica de Combate (Zydowska Organizacja Bojowa; ZOB) e outros grupos judeus atacaram tanques alemães com coquetéis Molotov, granadas de mão e um punhado de armas pequenas. Embora os alemães, chocados pela ferocidade da resistência, tenham conseguido acabar com os grandes combates em poucos dias, demorou quase um mês para que as forças alemãs, muito superiores, pudessem pacificar completamente o gueto e deportar praticamente todos os habitantes restantes. Durante meses após o fim da revolta do gueto de Varsóvia, as resistências judias individuais continuaram a se esconder nas ruínas do gueto, que a SS e as unidades policiais patrulhavam para evitar ataques ao pessoal alemão.
Durante o mesmo ano, os habitantes do gueto subiram contra os alemães em Vilna (Vilnius), Bialystok, e vários outros guetos. Muitos lutadores do gueto pegaram armas sabendo que a maioria dos habitantes do gueto já havia sido deportada para os centros de matança; e também sabendo que sua resistência, mesmo agora, não podia salvar da destruição os judeus que não podiam lutar. Mas eles lutaram por causa da honra judaica e para vingar a matança de tantos judeus.
Milhares de jovens judeus resistiram fugindo dos guetos para as florestas. Lá eles se juntaram a unidades partidárias soviéticas ou formaram unidades partidárias separadas para assediar os ocupantes alemães.
Embora muitos membros do conselho judaico (Judenrat) tenham cooperado sob compulsão com os alemães até que eles mesmos fossem deportados, alguns, como o presidente do conselho judaico Moshe Jaffe em Minsk, resistiram recusando-se a obedecer quando os alemães ordenaram que ele entregasse os judeus para deportação em julho de 1942.
Prisioneiros judeus se levantaram contra seus guardas em três centros de matança. Em Treblinka, em agosto de 1943 e Sobibor, em outubro de 1943, prisioneiros armados com armas roubadas atacaram o pessoal das SS e os guardas auxiliares treinados por Trawniki. Os alemães e seus auxiliares mataram a maioria dos rebeldes, durante a revolta ou mais tarde, depois de caçar os que escaparam. Várias dezenas de prisioneiros fugiram de seus perseguidores e sobreviveram à guerra, no entanto. Em outubro de 1944, em Auschwitz-Birkenau, membros do Destacamento Especial Judaico (Sonderkommando) se amotinaram contra os guardas da SS. Cerca de 250 morreram durante os combates; os guardas da SS dispararam outros 200 após o motim ter sido reprimido. Vários dias depois, a SS identificou cinco mulheres, quatro delas judias, que tinham estado envolvidas no fornecimento de explosivos aos membros do Sonderkommando para explodir um crematório. Todas as cinco mulheres foram mortas.
Em muitos países ocupados ou aliados com os alemães, a resistência judaica muitas vezes tomou a forma de ajuda e resgate. Autoridades judaicas na Palestina enviaram pára-quedistas clandestinos como Hannah Szenes para a Hungria e Eslováquia em 1944 para dar toda a ajuda que pudessem aos judeus escondidos. Na França, vários elementos da clandestinidade judaica se consolidaram para formar diferentes grupos de resistência, incluindo o Armée Juive (Exército Judaico) que operava no sul da França. Muitos judeus lutaram como membros de movimentos de resistência nacional na Bélgica, França, Itália, Polônia, Iugoslávia, Grécia e Eslováquia.
Os judeus nos guetos e campos também responderam à opressão nazista com várias formas de resistência espiritual. Eles fizeram tentativas conscientes de preservar a história e a vida comunitária do povo judeu, apesar dos esforços nazistas para erradicar os judeus da memória humana. Esses esforços incluíram: criação de instituições culturais judaicas, continuar a observar feriados e rituais religiosos, fornecer educação clandestina, publicar jornais subterrâneos, e coletar e esconder documentação, como no caso do arquivo Oneg Shabbat em Varsóvia que contaria a história dos judeus no gueto de Varsóvia, apesar de sua destruição em 1943.