Real-time quantitative polymerase-chain-reaction (qPCR) é uma técnica padrão na maioria dos laboratórios utilizada para várias aplicações em pesquisa básica. A análise dos dados qPCR é uma parte crucial de todo o experimento, o que levou ao desenvolvimento de uma pletora de métodos. As ferramentas lançadas ou cobrem partes específicas do fluxo de trabalho ou fornecem soluções completas de análise.
Aqui, pesquisamos 27 pacotes de software de acesso aberto e ferramentas para a análise de dados qPCR. A pesquisa inclui 8 Microsoft Windows, 5 baseados na web, 9 baseados em R e 5 ferramentas de outras plataformas. Os pacotes e ferramentas revisados suportam a análise de diferentes aplicações qPCR, tais como quantificação de RNA, metilação de DNA, genotipagem, identificação de variações do número de cópias e PCR digital. Relatamos uma visão geral da funcionalidade, características e requisitos específicos das ferramentas de software individuais, tais como formatos de troca de dados, disponibilidade de uma interface gráfica de usuário, procedimentos incluídos para apresentação gráfica de dados e métodos estatísticos oferecidos. Além disso, fornecemos uma visão geral sobre estratégias de quantificação, e relatamos várias aplicações do qPCR.
Nossa pesquisa abrangente mostrou que a maioria das ferramentas usa seu próprio formato de arquivo e apenas uma fração das ferramentas atualmente existentes suporta o formato padronizado de troca de dados RDML. Para permitir uma análise mais simplificada e comparável dos dados qPCR, mais fornecedores e ferramentas precisam adaptar o formato padronizado para incentivar a troca de dados entre software de instrumentos, ferramentas de análise e pesquisadores.