Do Maine à Geórgia, o sistema das Montanhas Apalaches já esteve quase totalmente coberto de floresta. Hoje, algumas das melhores e mais extensas florestas de folha caduca do mundo ainda florescem nos Apalaches e áreas limítrofes, notadamente no sul dos Apalaches. Ao norte estão as coníferas (abeto vermelho e abeto bálsamo, que crescem nas elevações mais altas e distinguem os bosques do Canadá e do Maine) e as madeiras duras do norte (ácer, carvalho, faia, freixo, bétula e carvalho vermelho e branco). Mais ao sul estão a nogueira, o choupo, a nogueira, o plátano e, em tempos, o importante e – antes de serem destruídos por castanheiros farinhentos. Todas estas, mais outras das 140 espécies de árvores dos Appalachia, são encontradas na região montanhosa do sul. Elevações elevadas alimentam representantes da floresta canadense, enquanto as encostas ocidentais dos Grandes Smokies, com suas chuvas abundantes, produzem árvores que atingiram altura e diâmetro máximos recordes. Entre elas estão a tulipa (choupo amarelo), o buckeye, a cicuta oriental (canadense) e o carvalho castanheiro.
O sistema interdependente de crescimento de plantas do sul conhecido como a “floresta Apalachian” é altamente complexo. Ela forma uma das grandes províncias florais da Terra. Existem as árvores que suportam uma floração luxuriante, como a groselha, o botão vermelho, o espinheiro, a tulipa, o pau-brasil, o gafanhoto, o sourwood, e muitas outras. Entre os numerosos arbustos com flores particularmente vistosas estão o rododendro, a azálea e o louro da montanha. Certos cumes dos Apalaches do sul são chamados de prados abertos de charnecas ou prados entrelaçados com espessos crescimentos de charnecas. A montanha Roan, na Carolina do Norte-Tennessee Unakas, é uma das mais extensas, com cerca de 1.200 acres de jardins naturais, espalhados por rhododendron rosa e púrpura através de seu alto pináculo e descendo suas encostas. Estima-se que, de cerca de 2.000 espécies da flora apalachiana, talvez 200 sejam nativas e totalmente confinadas aos apalaches do sul. Fetos, musgos e cogumelos de muitas espécies também fazem parte da complexa vida vegetal apalachiana.
Bisão, alces e lobos, outrora comuns aos Apalaches, desapareceram há muito tempo, embora os alces tenham posteriormente regressado às montanhas do norte; os caribus e alces ainda são encontrados nos cantos mais a norte da região. Espalhados por outras áreas estão o urso negro, veado de cauda branca, javali, raposa, guaxinim, castor, e inúmeros outros pequenos animais. Todas as áreas dos Appalachia, desde a Península Gaspé até à Geórgia, suportam uma avifauna abundante. Só nas Great Smoky Mountains foram gravadas cerca de 200 variedades de aves de caça e pássaros canoros.