Praktici celostní nebo biologické stomatologie se mohou velmi lišit, pokud jde o techniky a služby, které nabízejí. Zatímco mnozí konvenční zubní lékaři uznávají, že různé preventivní přístupy k zubnímu lékařství mají značné výhody, někteří z nich kritizují holistické praktiky za nedostatečnou účinnost přístupu a falešný marketing v jejich praxi.
Významná část kritiky holistické stomatologie souvisí s nepodloženým používáním některých služeb a ošetření, z nichž mnohé byly buď prozkoumány a shledány neúčinnými, nebo nebyly dostatečně prozkoumány, aby mohly být prohlášeny za bezpečné a účinné pro praxi. Například se často doporučují bylinné prostředky ve formě ústní vody a zubní pasty za účelem prevence nebo léčby některých zubních onemocnění. Údajně se jedná o bezpečnější produkty, protože jsou „přírodní“. Chybí však vědecký výzkum, který by takovou léčbu podporoval, a ve skutečnosti bylo zjištěno, že bylinné prostředky ovlivňují bezpečnost invazivnějších nebo dlouhodobějších stomatologických zákroků a mohou vést k dalším komplikacím, pokud se vzájemně ovlivňují se současnými léky pacienta. Bylo však prokázáno, že některé tradiční bylinné zubní techniky, jako je například používání tyčinky Miswak, mohou být účinné. Oblast bylinné dentální hygieny však zůstává do značné míry nedostatečně prozkoumanou oblastí a k určení účinnosti různých metod budou nutná další přísná vědecká hodnocení.
Někteří kritici holistické stomatologické praxe také upozorňují na to, že poplatky, které si tito lékaři účtují, jsou obvykle několikanásobně vyšší než u běžných zubařů. Někteří tvrdí, že alternativní stomatologie je pouhým využíváním výklenkových zdravotních názorů a triků k ospravedlnění vyšších poplatků. Příkladem může být Cavitat, neověřený ultrazvukový přístroj, který údajně dokáže odhalit údajné léze označované jako „kavitace“ (viz: neuralgii vyvolávající kavitační osteonekróza), nebo na důkazech nepodložené využívání dýchacích přístrojů některými „biologickými zubaři“ při odstraňování amalgámových výplní, které má snížit toxicitu rtuti tím, že se eliminuje materiál vdechovaný vzduchem. Jiní však tvrdí, že tyto praktiky nejsou reprezentativní pro celý obor celostní stomatologie.
.