Špionáž v Japonsku se datuje již od dob knížete Šótoku (572-622). Podle Shōninki bylo ninjutsu poprvé otevřeně použito během vojenského tažení ve válce Genpei, kdy Minamoto no Kuro Yoshitsune vybral bojovníky, kteří během bitvy sloužili jako shinobi. Tento rukopis dále uvádí, že v éře Kenmu Kusunoki Masashige často používal ninjutsu. Podle poznámek pod čarou v tomto rukopise trvala válka Genpei v letech 1180 až 1185 a k obnově Kenmu došlo v letech 1333 až 1336. Ninjutsu bylo vyvinuto samuraji v období Nanboku-čó a v pozdějších obdobích bylo dále zdokonalováno skupinami samurajů především z Kóky a japonské provincie Iga.
V průběhu historie byli šinobi zabijáci, zvědové a špehové, které si najímali především územní páni známí jako daimjó. Přestože dokázali vraždit v utajení, primárně plnili roli špiónů a zvědů. Shinobi se vyznačují především používáním lsti a podvodů. Využívali je, aby se pokud možno vyhnuli přímé konfrontaci, což jim umožňovalo uniknout velkým skupinám protivníků.
Mnoho různých škol (ryū) vyučovalo své jedinečné verze ninjutsu. Příkladem je Togakure-ryū, která údajně vznikla poté, co poražený samurajský bojovník Daisuke Togakure uprchl do oblasti Iga. Později se dostal do kontaktu s válečníkem-mnichem Kainem Došim, který ho naučil novému pohledu na život a způsobům přežití (ninjutsu). 18-21
Ninjutsu vzniklo jako soubor základních technik přežití ve válčícím státě feudálního Japonska. Nindžové používali své umění k zajištění přežití v době násilných politických zmatků. Ninjutsu zahrnovalo metody shromažďování informací a techniky neodhalování, vyhýbání se a odvádění pozornosti. Ninjutsu zahrnovalo výcvik ve volném běhu, maskování, útěku, skrývání, lukostřelbě a lékařství. Dovednosti týkající se špionáže a atentátů byly velmi užitečné pro válčící frakce ve feudálním Japonsku. V určitém okamžiku se špionážní dovednosti začaly souhrnně nazývat ninjutsu a lidé, kteří se na tyto úkoly specializovali, se nazývali shinobi no mono.