Vakoilu Japanissa juontaa juurensa jo prinssi Shōtokun (572-622) aikaan. Shōninkin mukaan ensimmäinen avoin ninjutsun käyttö sotaretkellä tapahtui Genpei-sodassa, kun Minamoto no Kuro Yoshitsune valitsi sotureita palvelemaan shinobeina taistelun aikana. Tässä käsikirjoituksessa kerrotaan edelleen, että Kenmun aikakaudella Kusunoki Masashige käytti usein ninjutsua. Tämän käsikirjoituksen alaviitteiden mukaan Genpei-sota kesti vuosina 1180-1185, ja Kenmun restauraatio tapahtui vuosina 1333-136. Nanboku-cho -kauden samurait kehittivät ninjutsua, ja myöhempinä kausina lähinnä Kōkasta ja Japanin Iga-provinssista kotoisin olevat samurai-ryhmät kehittivät sitä edelleen.
Kautta historian shinobit olivat salamurhaajia, tiedustelijoita ja vakoojia, joita palkkasivat enimmäkseen daimyōiksi kutsutut alueherrat. Huolimatta siitä, että pystyivät salamurhaamaan salaa, ensisijainen rooli oli vakoojina ja tiedustelijoina. Shinobit ovat tunnettuja lähinnä varkauden ja petoksen käytöstä. He käyttivät tätä välttääkseen suoraa yhteenottoa, jos mahdollista, mikä mahdollisti heille suurten vastarintaryhmien pakenemisen.
Monet eri koulukunnat (ryū) ovat opettaneet ainutlaatuisia versioita ninjutsusta. Esimerkkinä näistä on Togakure-ryū, joka väittää kehittyneensä sen jälkeen, kun kukistettu samurai-soturi nimeltä Daisuke Togakure pakeni Igan alueelle. Myöhemmin hän joutui kosketuksiin soturimunkki Kain Doshin kanssa, joka opetti hänelle uuden tavan tarkastella elämää ja selviytymiskeinoja (ninjutsu). 18-21
Ninjutsu kehitettiin kokoelmaksi perustavanlaatuisia selviytymistekniikoita feodaalisen Japanin sotaa käyvässä valtiossa. Ninjat käyttivät taidettaan varmistaakseen selviytymisensä väkivaltaisen poliittisen myllerryksen aikana. Ninjutsu sisälsi tiedonkeruumenetelmiä ja tekniikoita, joilla ei havaittu, vältettiin ja harhautettiin. Ninjutsuun kuului vapaan juoksun, naamioitumisen, pakenemisen, piiloutumisen, jousiammunnan ja lääketieteen harjoittelua. Vakoiluun ja salamurhiin liittyvät taidot olivat erittäin hyödyllisiä feodaalisen Japanin sotiville ryhmittymille. Jossain vaiheessa vakoilutaidot tunnettiin kollektiivisesti nimellä ninjutsu, ja näihin tehtäviin erikoistuneita ihmisiä kutsuttiin nimellä shinobi no mono.