El espionaje en Japón se remonta hasta el príncipe Shōtoku (572-622). Según el Shōninki, el primer uso abierto del ninjutsu durante una campaña militar fue en la Guerra de Genpei, cuando Minamoto no Kuro Yoshitsune eligió a guerreros para que sirvieran como shinobi durante una batalla. Este manuscrito continúa diciendo que durante la era Kenmu, Kusunoki Masashige utilizó frecuentemente el ninjutsu. Según las notas a pie de página de este manuscrito, la Guerra Genpei duró de 1180 a 1185, y la Restauración Kenmu ocurrió entre 1333 y 1336. El ninjutsu fue desarrollado por los samuráis del período Nanboku-cho, y perfeccionado por grupos de samuráis principalmente de Kōka y de la provincia japonesa de Iga en períodos posteriores.
A lo largo de la historia, los shinobi eran asesinos, exploradores y espías que eran contratados principalmente por los señores territoriales conocidos como daimyō. A pesar de ser capaces de asesinar con sigilo, su función principal era la de espías y exploradores. Los Shinobi destacan principalmente por su uso del sigilo, y el engaño. Lo usaban para evitar la confrontación directa si era posible, lo que les permitía escapar de grandes grupos de oposición.
Muchas escuelas diferentes (ryū) han enseñado sus versiones únicas de ninjutsu. Un ejemplo de ellas es la Togakure-ryū, que afirma haber sido desarrollada después de que un guerrero samurái derrotado llamado Daisuke Togakure escapara a la región de Iga. Más tarde entró en contacto con el monje-guerrero Kain Doshi, que le enseñó una nueva forma de ver la vida y los medios de supervivencia (ninjutsu):18-21
El ninjutsu se desarrolló como un conjunto de técnicas fundamentales de supervivencia en el estado de guerra del Japón feudal. Los ninja utilizaban su arte para asegurar su supervivencia en una época de violenta agitación política. El ninjutsu incluía métodos de recopilación de información y técnicas de no detección, evasión y despiste. El ninjutsu incluía el entrenamiento de la carrera libre, el disfraz, la huida, la ocultación, el tiro con arco y la medicina. Las habilidades relacionadas con el espionaje y el asesinato eran muy útiles para las facciones beligerantes del Japón feudal. En algún momento, las habilidades de espionaje se conocieron colectivamente como ninjutsu, y las personas que se especializaban en estas tareas se llamaban shinobi no mono.