Krona, en forvist Oan, rejser gennem multiverset og ødelægger universer for at finde frem til sandheden om skabelsen. Da han ankommer til Marvel-universet, foreslår stormesteren – som ønsker at redde sit univers – at de skal spille et spil. Hvis Krona vinder, vil stormesteren føre ham til Galactus, et væsen i dette univers, som har været vidne til skabelsen. Hvis han taber, er Krona nødt til at skåne stormesterens univers. Inden Krona vælger de spillere, der skal deltage i spillet, kræver han, at der byttes om på mestrene, så Avengers (stormesterens mangeårige modstandere) repræsenterer Krona, og Justice League (fra Kronas hjemunivers) kæmper for stormesteren. Det betyder, at Avengers skal tabe spillet for at redde deres univers.
Grandmaster informerer Justice League om, at for at redde deres univers skal de samle 12 magtgenstande – seks fra hvert univers – mens hans allierede Metron fortæller Avengers, at de skal gøre det samme for at forhindre, at deres verden bliver ødelagt. De seks genstande fra DC-universet er Skæbnens spyd, Evighedens bog, Ra’s kugle, Medusa-masken, Klokken, Krukken og Hjulet fra de tre dæmoner og Kyle Rayners Green Lantern Power Battery. De seks genstande fra Marvel-universet er Ultimate Nullifier, Avalons onde øje, Watoombs tryllestav, Ancient Winters kiste, Cosmic Cube og Infinity Gauntlet.
Justitsligaen rejser til Marvel-universet og er forfærdede (især Superman) over Avengers’ manglende evne til at forbedre deres jords tilstand; for eksempel møder Flash (Wally West) en ikke-menneskeligt udseende mutant på flugt fra en anti-mutant-mobbe, og Flash beskytter ham fra mobben. I den overbevisning, at Flash er medlem af Magnetos Acolytes, angriber pøbelen også ham. Flash opdager også, at Speed Force (kilden til hans kræfter) ikke eksisterer i dette univers. Da Avengers besøger DC-universet, bliver de overrasket over den “futuristiske” arkitektur i dets jordiske byer og de hædersbevisninger, som Justice League og andre indfødte helte modtager for deres gerninger. Som følge heraf bliver de (primært Captain America) overbevist om, at Justice League er fascister, der kræver, at civilbefolkningen hylder dem som helte.
Flere medlemmer af Justice League og Avengers rejser på tværs af de to universer og kæmper mod hinanden for at hente magtens artefakter. Et sidste slag om Cosmic Cube finder sted i Marvel Universe’s Savage Land. Efter en klimatisk kamp, hvor det går frem og tilbage, tager Quicksilver den kosmiske terning til sig. I det øjeblik ankommer Krona og Grandmaster til stedet, og sidstnævnte observerer og kommenterer, at stillingen er lige 6-6. Batman og Captain America – som sammen har undersøgt årsagen til kampen og opdaget dens sande karakter og indsats – ankommer imidlertid. Captain America kaster med vilje sit skjold og slår terningen ud af Quicksilvers hænder, så Batman kan fange den. Da Captain America har mistet den kosmiske terning, erklærer stormesteren nu Justice League for sejrherre, og den endelige stilling er nu 7-5. Krona er dog ikke villig til at acceptere nederlaget og angriber stormesteren og tvinger Galactus’ identitet ud af ham. Derefter tilkalder han Galactus og forsøger at få oplysninger om universets oprindelse. Stormesteren bruger artefakternes kraft og smelter de to universer sammen, før Krona kan rive Galactus i stykker.
Virkeligheden ændres således, at Justice League og Avengers nu er langvarige allierede, der regelmæssigt rejser mellem verdener for at bekæmpe forskellige trusler. Desuden er de for længst afdøde JLA-medlemmer Flash (Barry Allen) og Green Lantern (Hal Jordan) dukket op igen. Men universerne er uforenelige med hinanden og begynder at ødelægge sig selv og hinanden, idet folk skifter mellem verdenerne. En bivirkning af dette er, at Superman og Captain America bliver paranoide, irritable og kortfattede; deres følelser blusser op til det punkt, hvor de giver hinanden skylden for alt, hvad der sker (dette forklares senere med, at begge helte er for stærkt synkroniserede med deres oprindelige universer). En spektral Krona hjælper heltene med at huske noget af konkurrencen, og de finder ud af, hvad der sker med deres verdener. Phantom Stranger dukker op og fører heltene til stormesteren.
svækket af Kronas angreb forklarer stormesteren, hvordan han bragte universerne sammen for at fængsle Krona ved hjælp af de 12 genstande, men Krona er ved at fusionere universerne yderligere for at ødelægge dem, i håb om at skabe et nyt Big Bang, som han kan overleve og endelig lære dets mysterier. Inden han dør, beder stormesteren de forsamlede helte om at stoppe Krona og genoprette ordenen. På Captain Americas opfordring afslører han forskellige begivenheder, der har fundet sted i de separate universer, for at vise heltene, hvilke slags verdener de kæmper for. Hvert holdmedlem er vidne til de tragedier, der havde ramt dem i deres separate universer, såsom Barry Allens død, Hal Jordans nedtur til det onde og tabet af Vision og Scarlet Witch’s børn. Nogle af heltene overvejer at forlade universerne, som de er, for at forhindre tragedierne i at ske, men Hal Jordan inspirerer alle til at arbejde for det gode i deres verdener.
Krona har fanget de universelle avatarer af Eternity og Kismet, mens virkeligheden fortsætter med at ændre sig. Han har opdaget, at der findes en følelse i universerne, og han har til hensigt at tvinge deres ånder ud og give ham deres hemmeligheder. Begge heltehold forsoner deres uoverensstemmelser med hinanden og lægger planer for at stoppe Krona. Ved at invadere Kronas interdimensionelle base fører Captain America alle helte, der nogensinde har været medlem af Justice League eller Avengers, i spidsen. Det kroniske kaos på basen får en stadig skiftende række af helte til at konfrontere alle de skurke, som holdene nogensinde har bekæmpet, idet skurkene er blevet mentalt betaget af Krona. Selv om kaos og de store kræfter imod dem (både fra Krona og de tilkaldte skurke) får heltene til at falde en efter en undervejs, bliver Krona til sidst besejret, da Flash distraherer ham længe nok til, at Hawkeye kan skyde en eksplosiv pil ind i den maskine, han brugte til at holde de to verdener sammen, hvorefter Flash tager magtens genstande – begge helte var tidligere blevet formodet døde i kampen. Krona bliver derefter suget ind i den dannende hvirvelstrøm.
Jorderne bliver adskilt med hjælp fra Spectre (som på dette tidspunkt er Hal Jordan, der nu er genoprettet til sin nuværende tilstand), og universerne bliver ført tilbage til deres normale tilstand. Da heltene fra begge universer vender tilbage til deres rette steder, bekræfter de, at uanset om de gør for lidt eller for meget, så er de stadig helte, der altid vil kæmpe den gode kamp. Krona er imploderet og har dannet et kosmisk æg, som opbevares i JLA’s vagttårn; Metron erklærer, at når ægget klækkes, vil Krona lære hemmelighederne bag skabelsen af sit univers at kende ved at være en del af det. Metron og den nyligt genopstandne stormester diskuterer, hvordan Metron med vilje lokkede Krona til Marvel Universe. Stormesteren siger, at dette er det første spil, han nogensinde har spillet, hvor alle sider har vundet (stormesteren ved hjælp af kampen mellem Justice Leaguers og Avengers, heltene ved at redde deres universer, og Krona ved til sidst at få de svar, han søgte).