Tidlig NBA-karriere (1999-2005)Rediger
Alston havde det svært tidligt i sin NBA-karriere, men han klarede overgangen fra streetball til det professionelle spil. Efter at have spillet fra bænken i det meste af den tid, han var hos Milwaukee Bucks, blev han handlet til Toronto Raptors. Efter sin tid hos Raptors blev han starter hos Miami Heat i 2004. Han skuffede ikke og lavede i gennemsnit 12 point og 4 assists på et ungt hold i Miami, anført af rookie guard Dwyane Wade, der nåede frem til Eastern Conference Semi-Finals i NBA Playoffs. I løbet af den sæson, i en kamp den 26. marts mod Dallas Mavericks, ramte han det afgørende skud i overtiden med 0,5 sekund tilbage over Shawn Bradleys udstrakte arme for at katapultere Miami til en 119-118 sejr. Alston underskrev en flerårig aftale med Toronto Raptors i sommeren 2004. For Alston var dette hans første skridt i den nye fase af en sikker NBA-karriere, som han indtil da havde unddraget sig.
Houston Rockets (2005-2008)Rediger
Alston blev handlet til Houston Rockets for guard Mike James den 4. oktober 2005. Selv om Alston ofte blev kritiseret for sin attitude, mens han var i Toronto, men det menes, at Rockets-træner Jeff Van Gundy konfererede med sin bror, Miami Heat-træner Stan Van Gundy, som trænede Alston i NBA-sæsonen 2003-04, om Alstons arbejdsmoral og attitude. Jeff Van Gundys ry for at være hårdfør og hans evne til at få det bedste ud af spillere, der tidligere blev betragtet som “ballademagere” eller “temperamentsfulde” (f.eks. Latrell Sprewell), gav anledning til optimisme hos Rockets’ stab. I sæsonen 2006-07 opnåede Alston som Rockets’ startende point guard et gennemsnit på 13,3 point, 3,4 rebounds, 5,4 assists og 1,6 steals pr. kamp. Han sluttede sæsonen på niendepladsen i stjælerier blandt alle NBA-spillere, på fjerdepladsen i antallet af scorede trepointere og på 23. pladsen i assists. Den 12. november 2008 blev Alston suspenderet i to kampe uden løn for sin rolle i et slagsmål efter en ikke-foldet forseelse med Matt Barnes og Steve Nash.
Orlando Magic (2009)Rediger
Alston blev handlet til Orlando Magic i en trevejshandel den 19. februar 2009 og erstattede den skadede Jameer Nelson i holdets startopstilling. Den 30. april 2009 hjalp Alston Orlando Magic med at besejre Philadelphia 76ers med 4-2 i første runde af NBA-slutspillet. Orlando besejrede derefter Boston Celtics og Cleveland Cavaliers for at gå videre til NBA-finalerne, hvor de tabte til Los Angeles Lakers i fem kampe efter at være blevet erstattet af den tilbagevendte Jameer Nelson, en kontroversiel beslutning af Stan Van Gundy. Alston lavede i gennemsnit 10,6 point, 3,0 assists og 2,2 rebounds i finalen. I slutspillet i 2009 startede Alston alle kampe, han deltog i.
New Jersey Nets (2009-2010)Rediger
Den 25. juni 2009 blev han handlet til New Jersey Nets sammen med Tony Battie og Courtney Lee i bytte for Vince Carter og Ryan Anderson. Han havde sin første triple-double som medlem af New Jersey Nets i 2009-2010. Den 5. januar 2010 blev han frigivet af Nets i håb om at lade ham spille for en udfordrer.
Miami Heat (2010)Rediger
Den 7. januar 2010 slap han for dispensation og skrev under med Miami Heat for anden gang. Efter at have startet 25 kampe for Heat, blev han straks suspenderet den 6. marts 2010 for at have misset træning og en kamp. Den 13. marts 2010 opgraderede Miami hans suspension for resten af sæsonen.