Kontekst
I 49 fvt. var Cæsars forhold til det romerske senat blevet faretruende forværret. Efter for nylig at have erobret og pacificeret de galliske stammer var han udstationeret i Cisalpine Gallien, da han modtog ordre fra senatet om at afgive kommandoen over sine 10 veteranlegioner. Han havde allerede sendt to legioner til Rom i 51 fvt. på senatets anmodning, formentlig til et parthisk felttog, som de aldrig blev brugt i. Han var utilbøjelig til at overgive resten af sine legioner, hvoraf ni var overvintret i Gallien. Caesar forstod, at hans politiske karriere ville forsvinde, hvis han adlød senatets krav, men han vidste også, at det ville være en krigshandling at trodse det. Han besluttede, at krig var fordelagtigt. Den 10.-11. januar 49 fvt. førte Cæsar Legio XIII Gemina over Rubicon-floden og ind i det egentlige Italia.
Senatet var sikker på, at byer langs Cæsars march mod syd ville samle sig til forsvar for republikken, men den antagelse viste sig hurtigt at være forkert. Pompejus var den eneste konsul på det tidspunkt, og selv om han engang var Cæsars medtriumvir, var han nu en fast forsvarer af senatet og republikken. Senatet havde kun to legioner i Italia – de to, som Cæsar havde sendt – og vaklende støtte i nord vanskeliggjorde dets evne til at rejse nye tropper. Pompejus opfordrede sine senatorskolleger til at evakuere Rom og trække sig tilbage med deres hær til Brundisium (det moderne Brindisi), der lå på hælen af den italienske halvø. Da Cæsar nåede Rom, åbnede byen sine porte for ham. I marts var han blevet forstærket med fire af sine galliske legioner og rykkede frem mod Brundisium, men ikke før Pompejus og senatet forlod Italia for at omgruppere sig i Epirus.
Med hele den italienske halvø nu i sin magt bemærkede Cæsar, at mens Pompejus’ lille hær var på den anden side af Adriaterhavet, var syv loyalistiske legioner stadig stationeret i Hispania, dog uden en general. Han valgte først at eliminere den større hær, før de kunne organisere sig. Han vendte kortvarigt tilbage til Rom i april, hvor han benådede sine politiske modstandere, indsatte et nyt senat og rejste mindst 14 legioner. Derefter efterlod Cæsar en betydelig garnison i Italia og genforenede sig med nogle af sine galliske styrker i det sydlige Gallien, inden han krydsede ind i Hispania. Han knuste loyalisterne ved Ilerda i august og tvang to legioner til at overgive sig i Córdoba i den følgende måned. Da han vendte tilbage til Rom i oktober, udråbte Cæsars senat ham til diktator og overdrog ham den højeste myndighed og omfattende nødbeføjelser.
I de syv måneder efter deres flugt til Epirus samlede Pompejus og de loyalistiske senatorer en formidabel hær. De frodige østlige provinser og klientkongedømmer øgede senatets kampstyrke til ni legioner på jorden og en flåde på 300 skibe, der dominerede på havet. Efter at have overvintret i Dyrrhachium havde Pompejus til hensigt at invadere Italien og redde republikken fra despoti, som hans mentor Sulla havde gjort over 30 år tidligere. Cæsar håbede at ødelægge denne plan i sin vorden. Senatet forventede, at Caesar ville krydse Adriaterhavet i foråret 48 fvt, hvor vejret ville være varmere og vinden stærkere. De blev overraskede over at finde ham på Epirus’ kyster i januar med syv veteranlegioner. Fire legioner, der var under kommando af Markus Antonius, blev forhindret i at krydse af den stærke loyalistflåde og blev tvunget til at overvintre i Brundisium. Dette tilbageslag hindrede dog ikke Cæsar. Han fejede gennem regionen og erobrede Apollonia og Oricum på vejen til Dyrrhachium. Der byggede han befæstninger omkring byen og blokerede den i seks måneder, hvor Antonius var i stand til at nå frem til Cæsar med de fire legioner fra Brundisium. Pompejus brød blokaden, men det lykkedes ikke at knuse Cæsars hær.
Det var nu august. Stadig ufortrødent listede Caesar og hans legioner sig om natten væk fra deres lejr. Derefter marcherede de mod øst. Pompejus forfulgte dem, sandsynligvis under tvang; hans senatorskolleger var ved at blive urolige og krævede en hurtig afslutning på det, der nu havde været over halvandet års borgerkrig. Cæsar valgte at krydse over Pindusbjergene og ind i provinsen Makedonien, hvor han fandt en frugtbar dal, hvor han kunne brødføde sine tropper, mens han ventede på sine fjender. Præcis hvor Pompejus slog lejr for sine legioner i denne dal – og følgelig navnet på det efterfølgende slag – er blevet diskuteret heftigt blandt forskere, en detalje, der kompliceres både af uoverensstemmelser mellem antikke beretninger og moderne arkæologiske beviser. En ældre teori går ud på, at han slog lejr sydøst for Enipeus-floden på den skråning, der støder op til byen Pharsalus (det moderne Fársala), hvorfra det konventionelle navn på slaget er afledt. En nyere teori med voksende støtte finder, at han slog lejr nord for floden på en skråning ved siden af Palaepharsalus (“gamle Pharsalus”, muligvis det moderne Kríni), i hvilket tilfælde slaget korrekt ville blive kaldt slaget ved Palaepharsalus. Ikke desto mindre er forskere på begge sider enige om, at Pompejus placerede sine legioner på en skråning et par kilometer fra Cæsars lejr i dalen, og at Enipeus var et definerende naturligt landmærke.